scripting - PBSプログラミング

Question

PBSに関するいくつかの短くておそらく愚かな質問：

1-私はを使用してジョブを送信します

qsub job_file

ジョブファイル内で（サブ）ジョブを送信することは可能ですか？

2-私は次のスクリプトを持っています：

qsub job_a
qsub job_b

job_bを起動するには、job_aの結果が終了する前に用意しておくと便利です。job_aが終了するまでjob_bが起動されないように、何らかのバリアまたはその他の回避策を設定することは可能ですか？

ありがとう

Answer 1

最初の質問への回答：

通常、PBSサーバーが実行されているホストからのジョブの送信のみが許可されますが、PBSシステムのセットアップ方法によって異なります。

2番目の質問への回答：

依存関係を使用できます。qsubドキュメントの-Wオプションについてお読みください。次に、bashスクリプトの例を示します。

dependency_id=$(qsub job_a)
qsub -W depend=afterok:$dependency_id job_b

job_bは、job_aが正常に終了した後に開始されます。

Answer 2

はい、いくつかの注意点がありますが、別のジョブからジョブを送信することは可能です。

-お母さんはパスにクライアントコマンド（qsub）が必要です

-$ USECPは、最初のジョブが実行されているノードからファイルをコピーしようとします。

-送信スクリプトがあまりにも多くのqsubを呼び出すと、pbs_serverが簡単にクラッシュする可能性があるため、他のジョブからのジョブの送信には注意してください。

次の構文を使用して、ジョブb〜zをジョブ「a」に依存させることができます。

qsub foo.sh -Wdepend = afterok：jobA

ジョブ配列も良い解決策かもしれません。

http://docs.adaptivecomputing.com/torque/help.htm#topics/2-jobs/multiJobSubmission.htm