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モジュール Biopython モジュール NCBIWWW を使用して、いくつかのシーケンスをオンラインで爆発させています。利用可能なさまざまなデータベースに対してシーケンスをブラストしたいのですが、それらの包括的なリストが見つかりません。

「blastn」アルゴリズムを使用した Nucleotide コレクション データベースへの単純なクエリの例を次に示します。

from Bio.Blast import NCBIWWW

result_handle = NCBIWWW.qblast("blastn", "nt", some_sequence)

ご覧のとおり、データベースの Nucleotide コレクションは "nt" として指定されています。たとえば、Human GRCh37/hg19 データベースにクエリを実行する場合、「nt」を何に置き換えればよいでしょうか? そして、他の種/ビルドを照会したい場合は? http://blast.ncbi.nlm.nih.govで利用可能なすべてのデータベースの短い名前を見つけることができる包括的なリストはありますか?

ありがとう！

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http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=tblastn&PAGE_TYPE=BlastSearch&LINK_LOC=blasthomeにアクセスして、データベースのドロップダウン リストをクリックすると、nr、nr、 nt、estなど

ヒトゲノムについてはhttp://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastSearch&PROG_DEF=blastn&BLAST_PROG_DEF=megaBlast&BLAST_SPEC=OGP__9606__9558を試してください。

于 2015-02-06T22:50:56.767 に答える