NCBIWWW を使用して、特定のタンパク質の blastP 結果を取得しようとしています。問題は、送り返されるのは、アライメント データとして認識されるものではなく、これが返されることです (これは、ソース コードの 'Blast_record' の内容です)。「BioPython チュートリアルとクックブック」から取得したコードを使用しています。それとインターネットでエラーの原因を探しましたが、見つかりません。私のソースコードはこれです;
# biopython
from Bio import SeqIO
from Bio.Blast import NCBIWWW
from Bio.Blast import NCBIXML
# first get the sequence we want to parse from a FASTA file
# f_record = next(SeqIO.parse('m_cold.fasta', 'fasta'))
print('Doing the BLAST and retrieving the results...')
result_handle = NCBIWWW.qblast('blastp', 'tsa', '365176198')
# save the results for later, in case we want to look at it
save_file = open('m_cold_blast.out', 'w')
blast_results = result_handle.read()
save_file.write(blast_results)
save_file.close()
結果のファイルは次のとおりです。
<?xml version="1.0"?>
<!DOCTYPE BlastOutput PUBLIC "-//NCBI//NCBI BlastOutput/EN" "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dtd/NCBI_BlastOutput.dtd">
<BlastOutput>
<BlastOutput_program>blastp</BlastOutput_program>
<BlastOutput_version>BLASTP 2.2.31+</BlastOutput_version>
<BlastOutput_reference>Stephen F. Altschul, Thomas L. Madden, Alejandro A. Sch&auml;ffer, Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997), "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.</BlastOutput_reference>
<BlastOutput_db>tsa</BlastOutput_db>
<BlastOutput_query-ID>gi|365176198|gb|AEW67975.1|</BlastOutput_query-ID>
<BlastOutput_query-def>polyprotein [Black queen cell virus] </BlastOutput_query-def>
<BlastOutput_query-len>171</BlastOutput_query-len>
<BlastOutput_param>
<Parameters>
<Parameters_matrix>BLOSUM62</Parameters_matrix>
<Parameters_expect>10</Parameters_expect>
<Parameters_gap-open>11</Parameters_gap-open>
<Parameters_gap-extend>1</Parameters_gap-extend>
<Parameters_filter>F</Parameters_filter>
</Parameters>
</BlastOutput_param>
<BlastOutput_iterations>
<Iteration>
<Iteration_iter-num>1</Iteration_iter-num>
<Iteration_query-ID>gi|365176198|gb|AEW67975.1|</Iteration_query-ID>
<Iteration_query-def>polyprotein [Black queen cell virus]</Iteration_query-def>
<Iteration_query-len>171</Iteration_query-len>
<Iteration_hits>
</Iteration_hits>
<Iteration_stat>
<Statistics>
<Statistics_db-num>0</Statistics_db-num>
<Statistics_db-len>0</Statistics_db-len>
<Statistics_hsp-len>0</Statistics_hsp-len>
<Statistics_eff-space>0</Statistics_eff-space>
<Statistics_kappa>-1</Statistics_kappa>
<Statistics_lambda>-1</Statistics_lambda>
<Statistics_entropy>-1</Statistics_entropy>
</Statistics>
</Iteration_stat>
</Iteration>
</BlastOutput_iterations>
</BlastOutput>
ここで、BlastN と上記で使用したタンパク質のヌクレオチド配列を使用して検索を実行すると、一致するすべての配列、それらの E 値、およびスコアなどが得られます。
私はPythonとBiopythonの両方に非常に慣れていません。私の人生では、何が間違っているのかわかりません。
