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R の data.frame (以下の例) として巨大な豊富なマトリックスがあり、そこから、存在する種の数 (Otu00001、および複数の属性シーケンスを持つ Otus) と属性シーケンスの数を含む単純なテーブルを出力したいと考えています。各サンプル (各行、ALG(...)) の (個人、そのサンプルの各 Otu 内の数値)。

その後、下表（SCIE_NAME）のサンプル（行名）を平均化します。

存在量マトリックス

サンプルが対応するカテゴリの表を次に示します。

                  SCIE_NAME
ALG12.100.1019556  Cliona viridis
ALG12.101.1020199  Cliona viridis
ALG12.102.1019695  Cliona viridis
ALG12.103.1020514  Cliona celata complex
ALG12.104.1020008  Phorbas fictitius
ALG12.105.1019558  Phorbas fictitius
ALG12.106.1020012  Phorbas fictitius
ALG12.107.1019998  Dysidea fragilis
ALG12.108.1020068  Dysidea fragilis
ALG12.109.1019636  Dysidea fragilis
ALG12.110.1020285  Cliona celata complex
ALG12.111.1019802  Cliona celata complex
ALG12.112.1019618  Cliona celata complex
ALG12.113.1019525  Cliona celata complex
ALG12.114.1019900  Cliona celata complex
ALG12.115.1020456  Cliona celata complex
ALG12.90.1019650   Phorbas fictitius
ALG12.91.1020146   Phorbas fictitius
ALG12.92.1020337   Phorbas fictitius
ALG12.93.1019916   Phorbas fictitius
ALG12.94.1020032   Phorbas fictitius
ALG12.95.1019784   Phorbas fictitius
ALG12.96.1019911   Phorbas fictitius
ALG12.97.1020523   Phorbas fictitius
ALG12.98.1019513   Phorbas fictitius
ALG12.99.1020247   Cliona viridis

私が調査したところ、veganそのような直接のコマンドはありません。助けてもらえますか?

私の考えは、次のようなものを取得するテーブルを取得することです。

                     OTU Number     Sequence number
 Cliona viridis      xxx            yyy
 Phorbas fictitius   zzz            aaa

助けてくれてありがとう！

アンドレ

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その間、私は何とか欲しいものを手に入れることができました。さらに小さな colSums 行:

(df<-merge dataset according to metadata...)

OTUs <- as.matrix(specnumber(df))
Seqs<-transform(df, sum=rowSums(df))
OTU_Seq_Table<-cbind(OTUs, Seqs$sum)
colnames(OTU_Seq_Table) <- c("OTUs", "Sequences")

sums_OTUSeqTable<-colSums(OTU_Seq_Table)
OTU_Seq_Table<-rbind(OTU_Seq_Table, sums_OTUSeqTable)
row.names(OTU_Seq_Table)[5]<-"Sums"

write.csv(OTU_Seq_Table, "OTU_Seq_Table_ALG.csv")
于 2015-06-05T11:33:13.417 に答える