r - サンプル シートを提供せずに GEO メチル化 (450k) データセットを読み込むには?

Question

Gene Expression Omnibus (GEO) からいくつかの Illumina 450k メチル化データセットをダウンロードしました

R Bioconductor パッケージの minfi と ChAMP には、「サンプル シート」と呼ばれるものが必要なようです。

GEO のほとんどの TAR ファイルには、このようなサンプル シートが含まれていないようです。.idat ファイルのみが含まれています。

親切な魂が何かアドバイスをくれるでしょうか？サンプル シートなしで ChAMP / Minfi パイプラインを実行する方法を知りたいです。そうでない場合、.idat ファイルからサンプル シートを生成する方法はありますか?

ありがとう！

Answer 1

ディレクトリからすべてのidatファイルを読みたい場合は、次を使用できます。

my_450k <- read.450k.exp(base = "path/to/directory", recursive = TRUE)

ある段階で、サンプル バーコードによって表現型データを 450k データに一致させる必要があります。