ggplot を使用して、ヒストグラム + 密度曲線のファセット ラップを作成しています。これは私がプロットしているデータフレームです(〜300行):
head(merged)
# tpl strand base score ipdRatio motif
# 1 24501 0 A 51 3.108 AAGTACTCG
# 2 58809 0 A 69 4.095 GAGTACTAC
# 3 65614 0 A 61 3.341 TAGTACTCA
# 4 78494 0 A 92 4.968 GAGTACTAC
# 5 92127 0 A 23 1.702 AAGTACTTA
# 6 193102 0 A 96 5.255 GAGTACTCG
自分でデータフレームを読み取ることができるように、csv ファイルへのリンクを次に示します。
geom_histogram で binwidth だけを指定してこれを試してみると、次のようになります。
# Graph Histogram
ggplot(merged, aes(score)) +
geom_histogram(binwidth=25) +
geom_density() +
facet_wrap(~ motif,ncol=7) +
labs(title=paste("MOTIF:",motif_f),x="Methylation Score",y="Frequency")
aes(y=..density..)
ただし、次のように geom_histogramに追加して、個々のプロットごとに密度プロットを作成しようとすると:
# Graph Histogram
ggplot(merged, aes(score)) +
geom_histogram(aes(y=..density..),binwidth=25) +
geom_density() +
facet_wrap(~ motif,ncol=7) +
labs(title=paste("MOTIF:",motif_f),x="Methylation Score",y="Frequency")
一部のプロットでは y パラメータが引き伸ばされ、他のプロットでは窮屈になるという望ましくない結果が得られます。
最初の画像と同じyパラメーターを維持しながら、これらのプロットに密度プロットを重ねる方法に関する提案はありますか?