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R で最大節約アルゴリズム (サル ライブラリの pratchet()) を使用してブートストラップ分析を実行しています。ルート化されていないツリー (pratchet() 関数を使用して作成) で分析を実行すると、ブートストラップは正常に実行されます。しかし、ブートストラップのサポートを見つける前に、ブートストラップされた各ツリーをルート化したい場合、100 個のツリーのいずれかでランダムにルート化するとエラーが発生します。これは、2 分割またはクレード サポートを計算するためのコードを呼び出す前に発生することに注意してください。

近隣結合アルゴリズム (サルの nj()) を使用すると、ルート化またはダウンストリームのブートストラップではまったく問題はありませんが、アウトグループを使用して節約ベースのツリーをルート化するときに (ランダムに) 発生するようです。私が観察した奇妙なことは、ルート化する前に（ルート化中にエラーが発生した場合に備えて）ルート化されていないツリーをファイルに書き込み、後でそれらをルート化したい場合、完全に正常に動作することです。

これがコードです。私は分析に使用しています。

performBootstraping = function(charMatrix, bsIterations) {
    # charMatrix is a DNA alignment matrix
    # bsIteration are number of bootstrap iterations.

    library(phangorn)

    phySeq = phyDat(charMatrix)

    treeMPRooted = getRootedParsimonyTree(charMatrix)

    bValuesMP = boot.phylo(treeMPRooted, charMatrix, FUN=function(xx) {tt = getRootedParsimonyTree(xx); return(tt) }, 
    B = bsIterations, trees=T, rooted=T)

   # convert to percentage
   bValues = bValuesMP$BP/bsIterations * 100;

   plot(treeMPRooted, use.edge.length = F); 
   title('Max Parsimony tree with bootstrap percentage')
    nodelabels(bValues, frame = 'rect')

    # write the tree as newick 
    write.tree(treeMPRooted, paste0(outDir,'/rooted_MP.tree'))
    return(bValuesMP)
}

getRootedParsimonyTree = function(cMatrix) {
    phySeq = phyDat(cMatrix);
    treeMP = pratchet(phySeq)
    treeMPRooted = root(treeMP, outgroup='Germline', resolve.root=T)

    return(treeMPRooted)
}

これがスタックトレースとエラーです

 Error in phy$edge[sndcol, 2] <- newNb[phy$edge[sndcol, 2]] <- n + 2:phy$Nnode : 
  number of items to replace is not a multiple of replacement length 
6 root(treeMP, outgroup = "Germline", resolve.root = T) at libaryFunctions.R#105
5 getRootedParsimonyTree(xx) at libaryFunctions.R#32
4 FUN(x[, boot.samp]) 
3 boot.phylo(treeMPRooted, t.vaf, FUN = function(xx) {
    tt = getRootedParsimonyTree(xx)
    return(tt)
}, B = bstrapCount, trees = T, rooted = T) at libaryFunctions.R#32
2 performBootstraping(vaf, outDir, i, bsIterations) at runAllSitesBootstrapForAllPatients.R#15
1 runAllSitesBootstrapForAllPatients(ccfFileDir = ccfDir, outDirPref = outDir) 
In addition: Warning message:
In newNb[phy$edge[sndcol, 2]] <- n + 2:phy$Nnode :
  number of items to replace is not a multiple of replacement length
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「ルート」関数に不満を感じたので、エイプのソース コードを編集して、エラーをスローせずにツリーをルート化する関数を作成しました。これはパッケージ 'TreeTools' に function として含まれておりRootTree()、ルートを設定するための他のいくつかのオプションも実装しています。

次を使用してRにインストールします。

install.packages('TreeTools')
RootTree(tree, outgroup)

残念ながら、辺の長さはサポートされていません。

于 2016-04-13T17:21:09.880 に答える