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ねえ、

QIIMEからのシステムコールで呼び出そうとするとR、つまり

system2("macqiime")

R応答を停止します。ただし、他のコマンド ライン プログラムでは問題ありません。

特定のプログラムをR経由で呼び出すことはできませんsystem2()か?

MacQIIME バージョン: MacQIIME 1.8.0-20140103

MacQIIME 環境変数を取得しています...

これは、デフォルトの python が DIFFERENT (/macqiime/bin/python) であり、PATH に他の新しい QIIME 関連のものがあることを除いて、通常の端末シェルと同じです。

(私は主にwhichQIIMEを呼び出すことにも関心があることに注意してください。ただし、問題が関連していると強く思います)R Markdownengine = "sh"

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私の経験では、UNIX コマンド ラインから Qiime を呼び出すと、通常、ls や mv などの通常のシステム コマンドとは異なるコマンドを実行するために、独自の仮想シェルが作成されます。同じシェルまたはQiimeが必要とする構成をエミュレートしない限り、R内からQiimeを実行できない可能性があると思います。Python スクリプトから実行しようとしましたが、成功しませんでした。

于 2015-11-30T21:37:29.163 に答える