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MongoDBを使用していくつかのゲノム位置（染色体、位置）を保存したいと思います。

何かのようなもの：

{
chrom:"chr2",
position:100,
name:"rs25"
}

特定のセグメント（chrom、[posStart --posEnd]）内のすべてのレコードをすばやく見つけられるようにしたい。使用するのに最適なkey/_idは何ですか？

クロム、位置オブジェクト？

db.snps.save({_id:{chrom:"chr2",position:100},name:"rs25"})

パッド入りの文字列？

db.snps.save({_id:"chr02:00000000100",chrom:"chr2",position:100,name:"rs25"})

クロムと位置のインデックスを持つ自動生成されたID？

db.snps.save({chrom:"chr2",position:100,name:"rs25"})

他の ？

???

あなたの提案に感謝します

ピエール

PS :(この質問はbiostarにクロスポストされました：http：//biostar.stackexchange.com/questions/2519）

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2列のインデックスは、最もコンパクトなインデックスになるため、最速のアクセスパスを提供すると思います。

ただし、これは追加のインデックスになるため（使用していない_idインデックスが既にあるため）、最初の2つのオプションは、余分なインデックスを排除するという点で優れています。

パディングされた文字列は、複雑なオブジェクトソリューションよりも短く、メモリの使用量が少ないため、スキャンが高速になります。平坦化/パディングが不可能な場合は、複雑なオブジェクトのみを選択します。また、複雑なオブジェクトキーはインデックスにエンコードする必要があるため（他のインデックスの場合はそうではありません）、短いキー名（cおよびp）を選択します。

したがって、2列のインデックス（idインデックスを「無駄にする」ことを気にしない場合）または埋め込み文字列を使用します。埋め込みバイナリ（整数のエンコードで数バイトを節約）を使用することもできますが、それはおそらく面倒な価値はありません。

于 2010-09-19T01:27:54.577 に答える