r - デンドログラムの等間隔の長さ

Question

この図では、主要な情報 (ほとんどのノード) が一番左側にあります。

デンドログラムを読みやすくしたいので、エッジは比例して長くする必要があります。使用する特定の引数はありますか、それとも単にデータの問題ですか?

Answer 1

パッケージapeには、エッジ長なしでツリー (またはデンドログラム) をプロットするためのオプションがあります。

library(ape)

# calculate dendrogram from sample data
data(carnivora)

tr <- hclust(dist(carnivora[1:20,6:15]))

# convert dendrogram from class 'hclust' to 'phylo'
tr <- as.phylo(tr)

# plot, use par(mfrow=c(1,3)) to display side by side
plot(tr)
plot(tr, use.edge.length = FALSE)
plot(tr, use.edge.length = FALSE, node.depth = 2)

これはplot.phylo関数を呼び出し、デンドログラムがどのように見えるかを操作できるようにします。plotラベルの読みやすさを改善するには、フォント サイズ ( cex = 0.7) またはラベルのオフセット( ) に影響する範囲内で設定をいじる必要がある場合がありますlabel.offset = 0.5。