bioinformatics - 多くのシーケンスの (平均) シーケンス ダイバージェンスを計算する

Question

120 塩基の約 13,000 のシーケンスがあり、それらを比較して、保存された領域、それらの間の平均的な相違、または非常に異なる外れ値などを見つけたいと考えています。

問題は、この数のシーケンスでは、私が試したことが実行できないことです。

誰かがこのサイズで似たようなことをしたことがありますか?それを達成する方法のヒントを教えてもらえますか? それとも、私が探すべきいくつかのヒントですか？

Answer 1

PHYLIPパッケージのdnadistプログラムを使用します。ここで、Phylip アライメント形式を処理するための Biopython ライブラリのヘルプがあります。