この質問が私が認識できない用語で尋ねられた場合は申し訳ありませんが、そうではないようです。
comm2sciライブラリの関数を使用して、taxize120,000 行を超える一般名のデータベースの学名を検索しています。以下は 10 個のサブセットです。
commnames <- c("WESTERN CAPERCAILLIE", "AARDVARK", "AARDWOLF", "ABACO ISLAND BOA",
"ABBOTT'S DAY GECKO", "ABDIM'S STORK", "ABRONIA GRAMINEA", "ABYSSINIAN BLUE
WINGED GOOSE",
"ABYSSINIAN CAT", "ABYSSINIAN GROUND HORNBILL")
この関数で NCBI データベースを検索する場合、一般名が一般的/一般的であり、種固有ではない場合、ユーザーの入力を求められます。たとえば、次の呼び出しでは、「1」、「2」を入力して「AARDVARK」の説明を求めます。または「NA」の場合は「return」。
install.packages("taxize")
library(taxize)
ncbioutput <- comm2sci(commnames, db = "ncbi")###querying ncbi database
このため、座って数分ごとに 'return' を入力しないと、この関数に頼って 120000 種の名前を見つけることはできません。この質問が具体的に聞こえることは知っtaxizeていますが、過去に他の機能でもこの状況が発生しました。私の質問は次のとおりですcomm2sci。ユーザー入力が求められたときに特定の値を返す条件ステートメントに呼び出しを配置する一般的な方法はありますか? または、プロンプトが表示されたときに入力を返す関数を作成しますか?
これに関連するすべての検索は、ユーザー入力を求める方法を教えてくれますが、ユーザークエリを上書きする方法は教えてくれません。これらは私が見つけた 2 つの質問スレッドですが、私の状況には当てはまらないようです: R にコンソール入力を待機させますか? 、R スクリプトを非対話型から対話型に切り替える
これが明確だったことを願っています。お時間をいただきありがとうございました！