私は R にまったく慣れていないので、クラスの課題があります。Erdos-Renyi モデルのネットワークを 1000 個作成する必要があります。問題は、実際に 1 つのモデルを作成し、次数分布などのパラメーターをチェックし、プロットすることができるということです。また、その推移性などをチェックすることもできます。ただし、これらの 1000 個のネットワークの平均クラスタリング係数 (ローカル推移性) を、Cytoscape でクラスに取り組んできたネットワークと比較する必要があります。これは私がすでに知っているコードです：
library(igraph)
g<-erdos.renyi.game(1000,2000, type=c("gnm"))
transitivity(g) #and other atrributes...
g2<-replicate(g,1000)
transitivity(g2[[1]])
#now I have sort of list with every graph but when I try to analyze
#I got the communicate that it is not a graph object
これら 1000 個のネットワークから標準偏差と平均 ACC を計算し、比較する必要があります。どんな種類の助けにも感謝します。
私は実際にたくさん試しました：
g<-erdos.renyi.game(1026,2222,type=c("gnm"))
g2<-1000*g
transitivity(g2[2]) # this however ends in "not a graph object"error
g2[1] #outputs the adjacency matrix but instead of 1026 vertices,
#I've got 1026000 vertices, so multiplication doesn't replicate function
#but parameters
また、グラフの一覧を統一してみました
glist<-1000*g
acc<-union(glist, byname="auto")
transitivity(acc) #outputs the same value as first function g (only one
#erdos-renyi graph