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次の Singularity コンテナ レシピがあります。

#!/bin/bash

Bootstrap: docker
From: nipype/nipype:latest

%labels
  Version v1.0

%post
  # Install nano
  apt-get update
  apt-get install nano

  # Set up Python environment
  CONDA_ENV=/opt/conda/bin
  export PATH=$CONDA_ENV:$PATH
  chmod -R 777 $CONDA_ENV

  # Activate conda environment
  conda activate neuro
  conda install seaborn
  pip install pybids

次のように、Singularity を使用してコンテナーを作成します。

sudo singularity build swish.simg Singularity.swish

依存関係のインストールとビルドの大部分は、エラーが発生するまで問題ありませんsource not found。問題と私が試したことを繰り返すには：

  • レシピからNipypeイメージを構築しています。%post 内で、2 つの追加パッケージ (seaborn と pybids) を「neuro」conda 環境にインストールしたいと考えています。
  • しかし、%post 内でニューロ環境をアクティブ化しようとすると ("source activate neuro")、コマンド "source" が見つからないというエラー メッセージが表示され続けます。
  • %post のコマンドを bash で実行したいのですが、どこに指定すればよいかわかりません。
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