問題タブ [nipype]

私はnipypeパッケージを使用してPythonでいくつかの登録を行おうとしています。それは基本的な登録のために働きました：

これにより、登録が成功しました。ただし、出力されたflt.inputs.out_matrix_file ='subject_to_template.mat'を使用して、この登録変換を入力MRIと同じ空間の非脳画像に適用しようとしています。

私は次のことを試しました：

flt.inputs.in_matrix_fileおよびflt.inputs.apply_xfm=Trueフラグが標準の登録をオーバーライドし、マトリックスを使用して追加の画像を登録することを期待していますが、次のエラーが発生しました。

なぜ、どうすればこれを解決できるか知っていますか？

FSL によって作成された変換行列を分析するために nipype を使用しようとしています。FSL には、これらの変換行列 (*.mat ファイル) を分析する「avscale」というスクリプトがあります。nipype に、そのスクリプトをラップしてその出力を操作できるインターフェイスがあるかどうか疑問に思っていました。

ありがとう

内部パイプライン インフラストラクチャを NiPype に置き換えようとしています。

テストとして、最初の関数が入力を取得し、いくつかの計算の後、2番目の関数に入力として使用される出力を返す単純な関数に接続したいと思います。

次のエラーが表示されます。

pipeline.run() を実行すると、次のエラーが発生します。

何をすればよいでしょうか？

ありがとう！

以下のようにNipypeで単純なmatlabインターフェースを実行しようとしていますが、どういうわけかrun()コードで動かなくなります。コマンドラインが進まなくなりました。ただし、mlab.cmdline (matlab -nodesktop -nosplash -singleCompThread -r "addpath('/somepath');pyscript;exit") をコピーしてコマンド ラインに貼り付けると、完全に機能します。

ここに ipython キーボード割り込みがあります:

このサイトで他の問題を読みsubprocessましたが、それらはすべてPopen(). 私の場合、何か問題がありpoller.poll()ます。この行に到達すると、それ以上処理されません。

以下の部分的なコードは、エラーなしで機能します。

Nodeただし、同じ script( )で秒を追加するとfslorient、属性エラーが発生します。

属性エラー:

以下のこのコードは fslorient.py という名前です

問題が見つかりませんでした。

編集:他のラップも使用しましたが、同じエラーが発生しました!

私は、Nipype のコードをラップするために、enthought canopy の特性を使用しています。%dformat 引数が整数変数用であることは知っています。ただし、Multiplication以下の変数もファイルである必要があります。

Anyだから、の代わりに使いたいのですIntが、対応するフォーマット引数が何なのかわかりませんAny。以下を置き換えるにはどうすればよい%?ですか？

私はpython、より具体的にはipythonが初めてです。NiPypeで説明されているように、MRI画像ファイルのSPMと呼ばれる統計パッケージで非常に単純なDicom変換を実行する手順を実行しました。実行できず、何が間違っているのか疑問に思っていました。エラー メッセージは表示されませんが、ファイルの変更や出力はありません。ハングするだけです。誰かが私が間違っているかもしれないことを知っていますか? ここで非常に単純なものが欠けている可能性があります (申し訳ありません:(