私は分子を含む Python プロジェクトに取り組んでおり、今のところ分子をグラフとして表現しています。各グラフを表す 3 つの異なる numpy 配列があります。バイナリ隣接行列、分子内の各原子の原子番号を格納する配列、原子間の結合の種類を格納する行列です。i はグラフで重い原子のみを表しているため、水素はありません。
私は分子の有効性を確認する方法を探しています。RDKit の SanitizeMol 関数を使用してそうしようとしています。グラフを Mol オブジェクトに変換する簡単な方法はありますか?
numpy 形式を Networkx グラフに変換する関数もありますが、次の手順 (nx から RDKit) を実行する方法が見つかりません。
EditablMol を使用して Mol を手動で作成しようとしましたが、グラフに水素がないため、いくつかの原子の原子価に問題が発生します。私は少し立ち往生しています、どんな助けも大歓迎です。
ありがとう