問題タブ [molecule]

そこで、ansible-playbook コマンドの汎用ラッパーの作成を検討しています。私がやりたいことは、提供されたインベントリに基づいて、多数の VM (Vagrant または docker) を起動することです。

これらの VM をローカルで使用して、分子を使用した自動テストと手動機能テストを行います。

重要なことに、インベントリ内のマシンの数は変更される可能性があるため、これらは実行前に作成する必要があります。

何かご意見は？

乾杯、スチュアート

私は分子を含む Python プロジェクトに取り組んでおり、今のところ分子をグラフとして表現しています。各グラフを表す 3 つの異なる numpy 配列があります。バイナリ隣接行列、分子内の各原子の原子番号を格納する配列、原子間の結合の種類を格納する行列です。i はグラフで重い原子のみを表しているため、水素はありません。

私は分子の有効性を確認する方法を探しています。RDKit の SanitizeMol 関数を使用してそうしようとしています。グラフを Mol オブジェクトに変換する簡単な方法はありますか?

numpy 形式を Networkx グラフに変換する関数もありますが、次の手順 (nx から RDKit) を実行する方法が見つかりません。

EditablMol を使用して Mol を手動で作成しようとしましたが、グラフに水素がないため、いくつかの原子の原子価に問題が発生します。私は少し立ち往生しています、どんな助けも大歓迎です。

ありがとう

分子が失敗時に作成された docker コンテナーを破壊しないようにする方法はありますか?

に次のシナリオがありますmolecule.yml。

testinfra テストの 1 つが失敗しており、失敗後にコンテナーを検査したいと考えています ( docker exec -it xxxx /bin/bash)。

ただし、分子はコンテナーをクリーンアップし続けます。