列に対して関数を反復しようとしていますが、正しく機能しません。コードを修正する必要がある場所を教えてもらえますか?
それは私のコードです
def SmilesToFPS(smiles):
mol = Chem.MolFromSmiles(smiles)
fps = FingerprintMols.FingerprintMol(mol)
#fpSize=1024, minPath=1, maxPath=7,
# bitsPerHash=2, useHs=True,
# tgtDensity=0.0, minSize=0,
# branchedPaths=True, useBondOrder=True,
# atomInvariants=0, fromAtoms=0, atomBits=None, bitInfo=None)
return print(fps.ToBitString())
for index, row in df_3.iterrows():
#for i, number in df_3['SmilesCode'].iteritems():
#this doesn't work.thats why I used .iterrows
try:
fingerprints = SmilesToFPS(smiles)
except:
fingerprints = 'ERROR'
print('\r', row['SmilesCode'], fingerprints, end='')
smiles_list.append(row['SmilesCode'])
fingerprint_list.append(fingerprints)
df_4 = pd.DataFrame({'SmilesCode' : smiles_list, 'Fingerprints' : fingerprint_list})
すべての SmilesCode に Bitstring が必要ですが、すべての行/SmilesCode でエラーしか取得できません。定義された関数は機能しますが、それを使用して目的の列を反復処理する場合は機能しません! パンダの apply() 関数を使用する場合:
df_modDfObj = df_3.apply(SmilesToFPS)
次のエラー コードが表示されます。
ArgumentError: rdkit.Chem.rdmolops.RDKFingerprint(NoneType, int, int, int, int, int, float, int) の Python 引数の型が C++ 署名と一致しませんでした: RDKFingerprint(RDKit::ROMol mol, unsigned int minPath=1, unsigned int maxPath=7、unsigned int fpSize=2048、unsigned int nBitsPerHash=2、bool useHs=True、double tgtDensity=0.0、unsigned int minSize=128、bool branchedPaths=True、bool useBondOrder=True、boost::python:: api::object atomInvariants=0、boost::python::api::object fromAtoms=0、boost::python::api::object atomBits=None、boost::python::api::object bitInfo=None)