特定の 16s rRNA 分析に関して、この論文の樹状図の結果を再現しようとしています。
しかし、データ管理やデータ分析の標準的な方法があるかどうかはわかりません。だから、私は自分で試してみました。以下、まとめ。
メソッドのセクションには次のように書かれています。 .1.2 標準設定、QIIME v1.9.1 からの分割ライブラリーステップ、200 ヌクレオチド未満の除去配列読み取り、あいまいな塩基を含む読み取り、または平均品質スコアが 30 未満の読み取りが続きます。」
そこで、SRATOOLKIT を使用して sra ファイルをダウンロードし、ターミナルで次のコードを使用しました。
for n in {141..188}; do prefetch "SRR5577$n"; done
その後、次を使用して fastq ファイルに変換しました。
for n in {141..188}; do fastq-dump "SRR5577$n"; done
しかし、マージステップでは、githubfastq-joinのパッケージ内の関数やその他の関数を使用できません。ea-utilsデータの形式が正しくないようです。
私はそれをうまくやりましたか？この種の分析についてどこで詳しく知ることができますか?