r - ggplot2で格子樹状図グラフを再現

Question

この格子プロットをggplot2で再現することは可能ですか？

library(latticeExtra)
data(mtcars)
x  <- t(as.matrix(scale(mtcars)))
dd.row <- as.dendrogram(hclust(dist(x)))
row.ord <- order.dendrogram(dd.row)

dd.col <- as.dendrogram(hclust(dist(t(x))))
col.ord <- order.dendrogram(dd.col)

library(lattice)

levelplot(x[row.ord, col.ord],
      aspect = "fill",
      scales = list(x = list(rot = 90)),
      colorkey = list(space = "left"),
      legend =
      list(right =
           list(fun = dendrogramGrob,
                args =
                list(x = dd.col, ord = col.ord,
                     side = "right",
                     size = 10)),
           top =
           list(fun = dendrogramGrob,
                args =
                list(x = dd.row,
                     side = "top",
                     size = 10))))

ここに画像の説明を入力してください

score 52 · Accepted Answer

編集

2011年8月8日から、ggdendroパッケージはCRANdendro_dataで利用可能になりました。また、樹状図抽出関数が代わりに呼び出されるようになったことにも注意してください。cluster_data

はい、そうです。しかし、当分の間、あなたはいくつかのフープを飛び越えなければならないでしょう：

ggdendroパッケージをインストールします（CRANから入手可能）。このパッケージは、でプロットするという明確な目的で、いくつかのタイプのクラスターメソッド（Hclustおよびを含む）からクラスター情報を抽出します。dendrogramggplot
グリッドグラフィックを使用してビューポートを作成し、3つの異なるプロットを配置します。

ここに画像の説明を入力してください

コード：

最初にライブラリをロードし、ggplotのデータを設定します。

library(ggplot2)
library(reshape2)
library(ggdendro)

data(mtcars)
x <- as.matrix(scale(mtcars))
dd.col <- as.dendrogram(hclust(dist(x)))
col.ord <- order.dendrogram(dd.col)

dd.row <- as.dendrogram(hclust(dist(t(x))))
row.ord <- order.dendrogram(dd.row)

xx <- scale(mtcars)[col.ord, row.ord]
xx_names <- attr(xx, "dimnames")
df <- as.data.frame(xx)
colnames(df) <- xx_names[[2]]
df$car <- xx_names[[1]]
df$car <- with(df, factor(car, levels=car, ordered=TRUE))

mdf <- melt(df, id.vars="car")

樹状図データを抽出し、プロットを作成します

ddata_x <- dendro_data(dd.row)
ddata_y <- dendro_data(dd.col)

### Set up a blank theme
theme_none <- theme(
  panel.grid.major = element_blank(),
  panel.grid.minor = element_blank(),
  panel.background = element_blank(),
  axis.title.x = element_text(colour=NA),
  axis.title.y = element_blank(),
  axis.text.x = element_blank(),
  axis.text.y = element_blank(),
  axis.line = element_blank()
  #axis.ticks.length = element_blank()
)

### Create plot components ###    
# Heatmap
p1 <- ggplot(mdf, aes(x=variable, y=car)) + 
  geom_tile(aes(fill=value)) + scale_fill_gradient2()

# Dendrogram 1
p2 <- ggplot(segment(ddata_x)) + 
  geom_segment(aes(x=x, y=y, xend=xend, yend=yend)) + 
  theme_none + theme(axis.title.x=element_blank())

# Dendrogram 2
p3 <- ggplot(segment(ddata_y)) + 
  geom_segment(aes(x=x, y=y, xend=xend, yend=yend)) + 
  coord_flip() + theme_none

グリッドグラフィックと手動の配置を使用して、ページ上の3つのプロットを配置します

### Draw graphic ###

grid.newpage()
print(p1, vp=viewport(0.8, 0.8, x=0.4, y=0.4))
print(p2, vp=viewport(0.52, 0.2, x=0.45, y=0.9))
print(p3, vp=viewport(0.2, 0.8, x=0.9, y=0.4))

score 6 · Accepted Answer

ベンが言うように、すべてが可能です。樹状図をサポートするためのいくつかの作業が行われました。Andrie de Vriesは、ツリーオブジェクトの強化メソッドを作成しました。ただし、結果のグラフィックは、ご覧のとおりきれいではありません。

タイルは簡単に作成できます。樹状図の場合、セグメントの座標がどのように計算されるかを確認するためにplot.dendrogram（を使用して）検査します。getAnywhereそれらの座標を抽出し、geom_segmentを使用して樹状図をプロットします。次に、ビューポートを使用して、タイルと樹状図を一緒にプロットします。申し訳ありませんが、例を挙げられません。大変な作業であり、手遅れです。

これがお役に立てば幸いです

乾杯

樹状図