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ローカル コンピューターの RStudio (R 4.0.2) と Code Ocean R 4.0.3 で同じ R コードを実行すると、2 つの異なる UMAP 視覚化結果が得られ、それらはミラーリングされます。

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私は両方の環境で Seurat 3.2.0 バージョンを使用し、特に umap の視覚化には次の行を使用します。

DimPlot(MU197PDXThgFiltered, reduction = "umap", label = TRUE, label.size = 6, pt.size = 0.5)

再現可能な例を挙げることはできませんが、誰かが以前にこの問題に直面した可能性がありますか?

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Seurat githubでこれを見つけました：

UMAP プロット上のポイントの正確な位置は、さまざまなコンピューターや OS で異なる可能性があります。ランダム シードを修正することで手順のランダム性を最小限に抑えるために最善を尽くしますが、システム間の多少の変動は避けられず、心配する必要はありません。

UMAP上の点の位置を除けば、クラスター内の遺伝子発現と細胞数は同一

于 2021-04-15T04:30:21.030 に答える