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r - purrr の map 関数を使用して、R の 1 つの UMAP 関数で 2 つのパラメーターをテストする
初心者はまた助けが必要です。次元削減ツールである UMAP を使用してデータセットをいじっています。このようなものには、調整して見る必要がある 2 つのパラメーターがあります。以前は tSNE を使用していましたが、1 つのパラメーターの調整が必要です。tSNE の場合、このパラメーターは perplexity と呼ばれます。perplexity のいくつかの値を試して結果を視覚化するには、purrr の map 関数がこれを自動化するのに最適だと思います。
Tense() の結果は、各行 (サンプル) の x/y 座標を生成し、それらをプロットできます。ただし、ここで 4 つのテスト結果すべてを自動的にマップする方法を教えてくれるとちょっとした助けになります。
さて、テストしたいumapについて。n_neighbors と min_dist の 2 つのパラメーターを同じ方法でテストしたいと考えています。複雑さは、n_neighbors で選択した値ごとに異なります。すべての min_dist テスト値をテストしたいと考えています。たとえば、次の場合: n_neighbors= 10,50,20 min_dist= 0.1, 0.5, 1, 10 n_neighbors=10 のデータに対して umap 関数を実行し、min_dist= 0.1, 0.5, 1, 10 を繰り返します。これを繰り返します。残りの n_neighbors 値。
次に、purrr の map 関数に行き詰まっています。関数で渡すことができるベクトルは 1 つだけだと思います。
そしてまたプロットの問題。UMAP もリストを提供します。1 つのマトリックスは、行の x/y 座標を含むレイアウトです。
r - Seurat UMAP 可視化結果は、2 つの同一環境で実行した後にミラーリングされます
ローカル コンピューターの RStudio (R 4.0.2) と Code Ocean R 4.0.3 で同じ R コードを実行すると、2 つの異なる UMAP 視覚化結果が得られ、それらはミラーリングされます。
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私は両方の環境で Seurat 3.2.0 バージョンを使用し、特に umap の視覚化には次の行を使用します。
再現可能な例を挙げることはできませんが、誰かが以前にこの問題に直面した可能性がありますか?