私はnipypeパッケージを使用してPythonでいくつかの登録を行おうとしています。それは基本的な登録のために働きました：
from nipype.interfaces import fsl
from nipype.testing import example_data
flt = fsl.FLIRT(bins=640, cost_func='mutualinfo')
flt.inputs.in_file = 'myInput.img'
flt.inputs.reference = 'myReference.img'
flt.inputs.out_file = 'moved_subject.nii'
flt.inputs.out_matrix_file = 'subject_to_template.mat'
res = flt.run()
これにより、登録が成功しました。ただし、出力されたflt.inputs.out_matrix_file ='subject_to_template.mat'を使用して、この登録変換を入力MRIと同じ空間の非脳画像に適用しようとしています。
私は次のことを試しました：
from nipype.interfaces import fsl
flt = fsl.FLIRT(bins=640, cost_func='mutualinfo')
flt.inputs.in_file = 'myNonBrainImage.img'
flt.inputs.reference = 'myReference.img'
flt.inputs.out_file = 'regNonBrain.nii'
flt.inputs.in_matrix_file = 'subject_to_template.mat'
flt.inputs.apply_xfm = True
res = flt.run()
flt.inputs.in_matrix_fileおよびflt.inputs.apply_xfm=Trueフラグが標準の登録をオーバーライドし、マトリックスを使用して追加の画像を登録することを期待していますが、次のエラーが発生しました。
INFO:interface:stderr 2011-08-10T14:59:17.307116:Unrecognised option D
Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 1, in <module>
File "/usr/bin/python27/lib/python2.7/site-packages/nipype-0.4.1-py2.7.egg/nipype/interfaces/base.py", line 775, in run
runtime = self._run_interface(runtime)
File "/usr/bin/python27/lib/python2.7/site-packages/nipype-0.4.1-py2.7.egg/nipype/interfaces/base.py", line 1050, in _run_interface
self.raise_exception(runtime)
File "/usr/bin/python27/lib/python2.7/site-packages/nipype-0.4.1-py2.7.egg/nipype/interfaces/base.py", line 1027, in raise_exception
raise RuntimeError(message)
RuntimeError: Command:
flirt -in RF8869_3D_XRT_Dose_CT_A.img -ref clo010809T1Gd.img -out regDose.nii -omat /root/Desktop/Test Data/RF8869_3D_XRT_Dose_CT_A_flirt.mat -applyxfm -bins 640 -searchcost mutualinfo -init subject_to_template.mat
Standard output:
Standard error:
Unrecognised option D
Return code: 255
Interface FLIRT failed to run.
なぜ、どうすればこれを解決できるか知っていますか？