python - avscale (FSL スクリプト) 用の nipype インターフェイスはありますか?

Question

FSL によって作成された変換行列を分析するために nipype を使用しようとしています。FSL には、これらの変換行列 (*.mat ファイル) を分析する「avscale」というスクリプトがあります。nipype に、そのスクリプトをラップしてその出力を操作できるインターフェイスがあるかどうか疑問に思っていました。

ありがとう

Answer 1

ドキュメントと現在のソースに基づくと、答えはノーです。また、avscale少なくとも昨年の 2 月以降、 nipy-devel メーリング リストでも言及されていません。Nipype が既にこれを行う何かをラップしている可能性があります (おそらく matlab ラッパーを使用して?)問題を開くか、メーリング リストに質問してみてください。

Python を (nipype とすべてで) 使用しようとしている限り、おそらく nipype プロジェクトの哲学は、これには numpy/scipy を使用する必要があるということでしょうか? 推測ですが、これらのツールでこの出力を複製する機能がわかりません。また、誰もまだ追加することに慣れていない可能性もあります。

初心者のために、avscale は次のアフィン行列を使用します。

1.00614 -8.39414e-06  0          -0.757356  
0        1.00511     -0.00317841 -0.412038  
0        0.0019063    1.00735    -0.953364  
0        0            0           1  

そして、これまたは同様の出力が得られます：

Rotation & Translation Matrix:
1.000000 0.000000 0.000000 -0.757356 
0.000000 0.999998 -0.001897 -0.412038 
0.000000 0.001897 0.999998 -0.953364 
0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 

Scales (x,y,z) = 1.006140 1.005112 1.007354 

Skews (xy,xz,yz) = -0.000008 0.000000 -0.001259 

Average scaling = 1.0062

Determinant = 1.01872
Left-Right orientation: preserved

Forward half transform =
1.003065 -0.000004 -0.000000 -0.378099 
0.000000 1.002552 -0.001583 -0.206133 
0.000000 0.000951 1.003669 -0.475711 
0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 

Backward half transform =
0.996944 0.000004 0.000000 0.376944 
0.000000 0.997452 0.001575 0.206357 
0.000000 -0.000944 0.996343 0.473777 
0.000000 0.000000 0.000000 1.000000