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apche2サーバーでローカルブラストプログラムを実行しています...しかし、エラーが表示されます。 - - - - - - - - - - - 警告 - - - - - - - - - - -

MSG：blastallへのパスが見つかりません

私のコードは..

 #!/usr/bin/perl
print "Content-type: text/html\n\n";
use Bio::Perl;
use Bio::Tools::Run::StandAloneBlast;
@params = ('database' => 'btaudb','outfile' => 'bla.out', 
        '_READMETHOD' => 'Blast', 'prog'=> 'blastn');

 $factory = Bio::Tools::Run::StandAloneBlast->new(@params);
 $str = Bio::SeqIO->new(-file=>'test_query.fa' , '-format' => 'Fasta' );
 $input = $str->next_seq();


 $factory->blastall($input);

私がターミナルで同じコードを実行しているとき、それはうまく機能しています...そしてmwの正しい結果を示しています....plは私を助けます..apche2サーバーでローカルbalstプログラムを実行する方法.....

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私の経験では、このメッセージは、パスに「blastall」ツールが利用できないことを意味します。つまり、通常の使用法と同様に、コマンドラインで「blastall -p blastn -d dbname -i input -o output」と入力すると、シェルは blastall が見つからないと文句を言うでしょう。

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1763/#CmdLineAppsManual.I43_Backwards_compatibに記載されているように、Blastall インターフェイスは廃止されつつあるようです。BLAST の新しいバージョンには、このラッパー スクリプトのみがインストールされており、今後は BLAST+ インターフェースを使用することを期待しています。

Bio::Tools::Run::StandAloneBlastPlusを使用して成功しました。インターフェイスは非常によく似ており、コードベースがまだそれほど広範でない場合でも、比較的簡単に使い始めることができます。

于 2011-12-16T16:14:48.113 に答える