問題タブ [anova]

私たちは生物学の学生のために統計学のクラスを教えており、コンピューティングとデータの視覚化プラットフォームとしてRを使用しようとしています。可能な限り、余分なパッケージを使用したり、Rでひどく「派手な」ことをしたりすることは避けたいと思います。コースの焦点は、プログラミングではなく統計にあります。それにもかかわらず、2因子ANOVA設計のRでエラーバープロットを生成する非常に良い方法は見つかりませんでした。プロットを作成するためにggplot2パッケージを使用しています。これには、95％CIエラーバーを生成する組み込みのstat_summaryメソッドがありますが、これらの計算方法が常に正しいとは限りません。以下では、ANOVAのコードを手作業で調べ、95％CIも手作業で計算します（グループ内分散ggplotだけでなく、総残差分散から推定された標準誤差を使用して）sサマリーメソッドが使用します）。最後に、実際にはプロットがあります。

だから問題は...これをすべて行うためのより簡単/より速く/より簡単な方法はありますか？

R で ANOVA と事後検定を使用する方法を理解しようとしています。これまでのところ、aov() と TukeyHSD() を使用してデータを分析しました。例：

私の問題は、ペアごとの比較の膨大なリストを持っているが、それを使って何もできないことです:

このデータセットには 40 行あります...理想的には、次のようなデータセットを取得したいと考えています。

• Act_Glu2 : a
• Act_Ala2 : a
• NegI_Ala2: バ...

要点を理解していただければ幸いです。これまでのところ、オンラインで匹敵するものは何も見つかりませんでした... TukeyHSD から生成されたファイルで重要なペアのみを選択しようとしましたが、ファイルは行と列で構成されていることを「認識」せず、選択が不可能です.. .

たぶん、私のアプローチに根本的な問題がありますか？

Rを学ぼうとしています。古い統計テキストからの質問は、異なる建設現場で休憩時間に違いがあるかどうかを知りたいです。問題は、各サイトが異なる数の労働者を雇用しているとテキストが決定したことです。それで、私は立ち往生していて、サンプルサイズが等しくないANOVAを使用する助けを探しています。

このデータで manova を実行しようとしています:

data.frame を作成します。

data.frame を確認します。

次のように入力します。

それを実行します：

エラー メッセージが表示されます。

したがって、度列の名前 d05、d08、d10 に関係していると考えられるため、d と 0 のプレースホルダーを削除しました。同じエラーメッセージがありました

次に、as.factor(Degrees) を追加し、acc_manova を再度実行したところ、同じエラーが発生しました。

これに関するアイデアはありますか？

R を学習するためにオンライン ガイドと古いテキストを組み合わせています (182 ページ - http://cran.r-project.org/doc/contrib/Faraway-PRA.pdf )。R のパッケージからデータを使用する場合 (チュートリアルの例のように) 問題はありません。ただし、テキストのデータを使用すると、常に F 値が表示されず、警告が表示されます。

見てみましょう：

data.frame へのデータ:

data.frame を確認します。

溶融 data.frame:

溶けたdata.frameをチェック

anova を実行し、警告を取得します。

私が思いつくことができる唯一の2つの説明：

1: コーディングが間違っている 2: テキストの例は、明確な例を示そうとしているため、「完璧」すぎます

R では、コマンド を使用して、fit1 と fit2 などの 2 つの適合モデルを比較できanova(fit1,fit2)ます。

ただし、インターフェイス Rpy2 を使用してこれを同様に実行しようとすると、常にエラーが発生します。anova(fit1) などの単一モデルの anova は、Rpy2 を介して計算できます。

2 つを使用しているときに発生するエラーは次のとおりです。

それで、この問題をどのように修正できるか、また、rpy2 で 2 つの適合モデルを比較するにはどうすればよいか知りたいと思いました。

分散分析に使用するデータポイントの影響を除外して確認したいと思います。

1:10を手動で除外するのではなく、ある種のループを作成して、すべての分散分析が一度に流出するようにします。私は初心者で、次のことを試しました。

、それは私が欲しいものを与えません。誰かが私を助けることができますか？

9つのカテゴリに分割された変数の分散分析を行っています。

ここで、Z は値を含むベクトルで、Climes には anova が実行される 9 つのカテゴリが含まれます。各カテゴリのサンプル数がわずかに異なることに注意してください。

ここで、詳細な出力が必要です (たとえば、JMP は 9*9 行列を提供し、すべてのカテゴリ ペアのペア比較、つまり t 検定の結果を提供します)。

クラスの出力オブジェクトはaovこの情報を保持していますか? ドキュメントで表示できない場合は、R で詳細な ANOVA を実行する別の関数がありますか?

複数の被験者からのデータを含むRデータフレームがあり、それぞれが数回テストされています。セットの統計を実行するために、サブジェクト (「id」) の係数と各観測の行 (係数「セッション」によって指定) があります。いえ

上記の例で、「メジャー」列の id==2 の行の 1 つに NA が含まれている場合、id==2 のすべての行を削除する簡単な方法はありますか?

より一般的には、実際には各被験者に多くのメジャー (列) と 4 つのセッション (行) があるため、(少なくとも) 与えられたレベルの「id」要素を持つすべての行を削除するエレガントな方法はありますか?この「id」レベルの行の 1 つは列に NA を含んでいますか?

現在のソリューションよりもエレガントにこの問題を解決できる組み込み関数が存在する可能性があるという直感があります。

ありがとう、ジョナス