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For questions regarding programming in ECMAScript (JavaScript/JS) and its various dialects/implementations (excluding ActionScript). Note JavaScript is NOT the same as Java! Please include all relevant tags on your question; e.g., [node.js], [jquery], [json], [reactjs], [angular], [ember.js], [vue.js], [typescript], [svelte], etc.
bioinformatics - BCF に変換する前の vcf ファイルの変更
CHR:POS:POS:REF:ALTVCF の ID フィールドが?に設定されている、以前に作成した bcf ファイルに新しい vcf ファイルを追加しています。
VCF の ID フィールドを に設定するにはどうすればよいCHR:POS:POS:REF:ALTですか?
bash - プログラムによって特定のメッセージが出力された場合、bash で while ループを続行するにはどうすればよいですか?
以下の基本的なパターンに従ういくつかのソフトウェアを使用して、bash スクリプトを実行しています。
特定のサンプルでは、「サイト Pf3D7_02_v3:274217 は別の亜種と重複しています。スキップしています...」
このメッセージはソフトウェアの実行を停止しませんが、結果は偽になります。したがって、メッセージが表示された場合は、ソフトウェアを停止し、while ループを続行して次のサンプルに移動します。samples.txt には多くのサンプルがあるため、これを手動で行うことはできません。メッセージがどのサンプルに対するものであるかを示す方法も役立ちます。そのままでは、メッセージがどのループに与えられたのかを知らずに、そのメッセージの多くの行を取得します。
これを手伝うことは可能ですか？
私が使用しているプログラムは、bcftools コンセンサスと呼ばれています。さらに情報を提供する必要がある場合はお知らせください。
編集："> output.txt"を追加しました-削除しすぎたことに気付きました
編集 2: これは、以下の chepner による提案を使用した完全なスクリプトです。申し訳ありませんが、それは少し難しいです:
snakemake - snakemake でシェル コマンド ラインを組み合わせる
中間ファイルを避けるために、2 つのコマンド ラインを 1 つのコマンド ラインとして結合したいと考えています。
無効な構文エラーが発生しています。snakemakeで複数のシェルラインを組み合わせる方法を説明していただければ幸いです。
plugins - bcftools でプラグイン コマンドを使用するには?
私の目標は、bcftools を使用して、fixref プラグインを使用して、データセット (vcf ファイル) 内の参照対立遺伝子が参照ゲノム (fasta ファイル) と一致することを確認することです。
コマンドラインで作業して、最初に次の環境を設定しました。
不一致のあるテスト データセットには、次のコードが推奨されます。
自分のファイルを使用してこのコードを実行すると (データは .bcf ではなく .vcf であることに注意してください)、次のエラーが発生します。
単純に入力すると：
使用できる 5 つのコマンド (view、index、cat、ld、ldpair) のみのリストを取得します。環境を設定しましたが、何らかの方法でアクティブ化する必要がありますか? コマンドを bash スクリプトで実行する必要がありますか?