問題タブ [circlize]

患者と細胞型の 4 つのグループ間で共通の特徴を持つデータ フレームがあります。私にはさまざまな機能がありますが、共有機能 (複数のグループに存在) はほんの一部です。

私は、各グループにどれだけの共有されていない機能があるかを把握しながら、患者のグループと細胞タイプ全体の共有機能間のいくつかの接続を反映するサーコス プロットを作成したいと考えています。

私の考えでは、それは 4 つのセクター (患者と細胞タイプの各グループに 1 つ) を持つプロットで、それらの間にいくつかの接続があるはずです。各セクター サイズは、グループ内のフィーチャの総数を反映する必要があり、この領域のほとんどは他のグループに接続されておらず、空である必要があります。

これは私がこれまでに持っているものですが、各機能専用のセクターは必要なく、患者と細胞タイプの各グループのみを対象としています。

MWE:

編集！！

@m-dz が彼の回答で示しているのは、実際に私が探している形式です。4 つの異なる患者と cell.type の組み合わせの 4 つのセクターであり、接続のみを示していますが、接続されていない機能は示されていませんが、説明する必要があります。セクターのサイズ。

ただし、上記の MWE よりも複雑なシナリオがあることに気付きました。

特徴は、2 つのグループで同一である場合だけでなく、類似している場合(配列同一性がしきい値を超える場合)にも、2 つの患者/細胞型グループに現れると見なされます。このように、私は冗長性を持っています...

患者 1-セル 1 の機能 A は、患者 2-セル 1 の機能 A に接続できますが、機能 B にも接続できます... 機能 A は、患者 1-セル 1 に対して 1 回だけカウント (一意のカウント) し、患者 2- の 2 つの異なる機能に拡張する必要があります。セル1。

私の実際のデータがより正確にどのように見えるかの例を以下に示します。この例を使用して、最終的な circos プロットを取得できるかどうかを確認してください! ありがとう！！

私は、100 人の人々と 5 つの病状の診断を含むデータ セットを持っています。条件の任意の組み合わせが発生する可能性がありますが、条件 D の確率が条件 A に依存し、E が条件 B に依存するように設定しました。

各セルが行と列の両方の診断を持つ人の数である共起行列を作成するには、行列代数を使用します。

次に、コード ダイアグラムを使用して、各診断の共同診断の割合を示したいと思います。

デフォルトでは、各グループに割り当てられるセクター (パイ スライス) のサイズは、リンクの数に比例します。

セクター幅を設定して、各診断者の数を示すことはできますか?

この問題は、サークライズの本のセクション 14.5に多少関連しているようですが、gap.after引数 の計算方法がわかりません。

サークライズの本のセクション2.3に基づいて、セクターサイズを使用して設定しようとしましたが、外側のスケールがまったく同じであるため、関数がこれをオーバーライドするcircos.initalizeと思います。chordDiagram

トラックを微調整するオプションはたくさんありますがchordDiagram、セクターにはあまりありません。これを行う方法はありますか？