問題タブ [density-plot]

Pythonで密度プロットを作成する方法を知りたいです。値が配列でplt.hist2d(x[:,1],x[:,2],weights=log(y),bins=100) ある次のコードを使用しており、それぞれのピクセルにどれだけのエネルギーがあるかを示しています(銀河の画像を扱っていますが、画像には適合しません)。しかし、このコードには問題があります。たとえば 240 などの小さな値を選択すると、銀河の構造がどのように歪んでもよく見えます。ビンの値 3000 を選択すると、画像の情報量が失われ、多くの値がプロットされません。以下に 2 つの例を示します。xybinsy

使用しようとしましplt.imshowたが、動作しません。問題が発生しTypeError: Invalid dimensions for image dataます。私が作業しているデータは、hdf5 ファイルから取得されます。銀河の構造をよりよく見ることができるように、高解像度で画像をプロットできるようにしたいと考えています。それが可能だ？

画像は次のとおりです。

私は現在、ggplot の多数の回帰モデルからの最初の差異の多数の異なる分布をプロットしています。違いの解釈を容易にするために、各分布の 2.5% と 97.5% のパーセンタイルをマークしたいと思います。かなりの数のプロットを行い、データが 2 つの次元 (モデルとタイプ) でグループ化されるため、ggplot 環境でそれぞれのパーセンタイルを定義してプロットしたいと思います。ファセットを使用して分布をプロットすると、パーセンタイルを除いて、必要な場所に正確に到達できます。もちろん、これをもっと手動で行うこともできますが、理想的には、まだ使用できるソリューションを見つけたいと考えていfacet_gridます。

シミュレートされたデータを使用した例を次に示します。

2 つの方法で分位数を追加しようとしました。最初のものはエラーメッセージを生成します:

2番目のものは、サブ密度ではなく、完全な変数の分位数を取得します。つまり、プロットされた分位点は 4 つの密度すべてで同一です。

その結果、ggplot2 環境内の各サブグループの特定の分位点をプロットする方法があるかどうか疑問に思いますか?

ご意見をお待ちしております。

極座標の分布の値に対応するエントリを持つ txt ファイルとして保存された配列があります。したがって、次のようになります。

f の密度プロットを実行したい (f が高いほど、色を赤くしたい)。matplotlib でこれを行う方法はありますか? 私はこれにほとんど慣れていないので、明示的なコードは役に立ちます。

美しいプロットを見たので、再現したいと思います。これまでに得たものを示す例を次に示します。

輪郭を色で塗りつぶすのに苦労しています。これは仕事ですか、smoothScatterそれとも別のパッケージですか? それは私の使用にかかっているのではないかと思いますkde2d。もしそうなら、誰かがこの機能を説明するか、良いチュートリアルにリンクしてもらえますか?

どうもありがとう！

PS 最終的な画像はグレースケールにする必要があります

1000 の間の一連の乱数を使用して R で密度曲線を作成し、特定の値以下の部分をシェーディングしようとしています。geom_areaorを含む多くのソリューションがありますがgeom_ribbon、それらはすべて、yval私が持っていない を必要とします (これは 1000 個の数値のベクトルです)。どうすればこれを行うことができるかについてのアイデアはありますか?

その他の 2 つの関連する質問:

1. 累積密度関数（現在、生成に使用しています）に対して同じことを行うことは可能ですstat_ecdfか、それともまったくシェーディングすることはできますか?
2. geom_vliney 軸全体ではなく、密度曲線の高さまでしか上がらないように編集する方法はありますか?

コード: (これgeom_areaは、私が見つけたいくつかのコードを編集しようとして失敗したものです。ymax手動で設定すると、曲線の下の領域だけでなく、プロット全体を占める列が得られます)

sm パッケージ (sm.density.compare) を使用して R で密度比較を行っています。とにかく、グラフの数学的説明、または少なくともプロットではなくポイント数を含むテーブルを取得できますか? 結果のグラフを別のアプリケーションでプロットしたいのですが、そのためにはデータが必要です。

助けてくれてありがとう、クリシダエ

3D 密度関数を作成するより良い方法はありますか?

この関数は、mayavi でプロットできる 3D numpy 配列を生成できます。

ただし、次のように関数を使用してスポット (~100) のクラスターを生成する場合:

たとえば、次のようになります。

実行時間は約 1 分 (cpu i5) です。これはもっと速いかもしれません。

列 ID の pdf をプロットしようとしている 3 つの列を持つデータセットがあります。私のデータの一部は次のようになります。

これにはqplotを使用します：

またはggplot：

ただし、すべての ID の pdf をプロットするわけではありません。掘り下げてみると、qplot または ggplot によって生成されたプロットでは、データ内で 2 回しか出現しないID のみが欠落していることに気付きました。この例では、ID:48112050 です。

この ID のみの密度をプロットすると、うまくいきます。

ただし、df をこの ID、または 2 回だけ出現する ID のみを含めるように制限すると、qplot または ggplot で次のエラーが表示されます。

これは、qplot/ggplot が密度関数をプロットするために少なくとも 3 つの点を必要とすることを意味しますか?

ggplot/を使用easyGgplot2して、2 つのグループの密度プロットを作成しています。2 つの曲線の間にどれだけの交差があるかを示すメトリックまたは指標が必要です。(いくつかの異なるデータ グループの) どのグループがより明確であるかを測定できる限り、曲線を使用せずに他のソリューションを使用することもできます。

Rでこれを行う簡単な方法はありますか?

たとえば、このサンプルを使用すると、このプロットが生成されます

両方に共通する面積の割合をどのように推定できますか?