問題タブ [dna-sequence]

この問題を解決する方法を見つけるのに苦労しています。

入出力シーケンスは次のとおりです。

入力 nsequence は 10^6 文字にすることができ、最大の連続パターンが考慮されます。

たとえば、input2 "agctaagcta" の場合、出力は "agcta2gcta" ではなく、"agcta2" になります。

どんな助けでも感謝します。

特定の座標から DNA シーケンスを引き出すことができるように、Biopython を使用して大きな単一エントリの fasta ファイル (514 メガ ベース) を開きます。シーケンスを返すのはかなり遅いので、私が理解していないこのタスクを実行するより高速な方法があるかどうか疑問に思っています。1 回か 2 回のヒットであれば速度は問題になりませんが、145,000 の座標のリストを反復処理しているので、数日かかります :/

私はRが初めてで、バイオストリング関数readFASTAに問題があります。の biostrings の最新バージョンR 3.0.1は異なります。以前のバージョンは仕事をしているようです。したがってread.fasta、seqin R からの関数の使用を開始しました。fasta ファイルから DNA シーケンスを読み込んでいます。

readFASTA次のようにシーケンスを読みます

今read.fasta、シーケンスを次のように読んでいます

以前のバージョンで演算子を使用する$と、シーケンスと遺伝子 ID を分割できましたが、現在のバージョンではどうすればよいかわかりません。とにかく、から得ていたのと同じ出力を得ることができますかreadFASTA。

したがって、mouseenter/mouseleave 関数を除いて、これが行うべきことは、ユーザー入力を取得し、それを各配列配置に 3 文字の配列に分割することです (例: ユーザー入力 abcdef... は abc、def になります) 、...）。スタック オーバーフローに関する別の投稿を読みました ( How do you split a string at certain character numbers in javascript? )。ただし、これを次のコードで機能させることはできません。

ここに私のscript.jsがあります：

特定のインデックスで文字列内の 1 文字のスタイルを設定する方法について、いくつかのガイダンスを教えてください。この文字列のインデックスは配列から取得され、場合によっては配列が空であるため、配列が空でない場合にのみ文字列内の文字のスタイルを設定する必要があります

では、インデックス 74 と 266 の文字をスパンで囲むように追加して、別のスタイルを与えるにはどうすればよいでしょうか?

私のデータはデータベースから来ているので、動的にする必要があります。

ありがとう