問題タブ [domc]
For questions regarding programming in ECMAScript (JavaScript/JS) and its various dialects/implementations (excluding ActionScript). Note JavaScript is NOT the same as Java! Please include all relevant tags on your question; e.g., [node.js], [jquery], [json], [reactjs], [angular], [ember.js], [vue.js], [typescript], [svelte], etc.
r - do.ply(i) のエラー: タスク 1 が失敗しました - 「レコードが '@' で始まっていません」
R の doMC パッケージを使用して fastq ファイルを読み込みたいのですが、この問題に遭遇します。
do.ply(i) のエラー: タスク 1 が失敗しました - 「レコードが '@' で始まっていません」
do.ply(i) のエラー: タスク 1 が失敗しました - 「内部: buf !=」
私のコードは
foreach - R での SQLite データベースの並列クエリ
大規模なデータベース (〜 100Gb) があり、そこからすべてのエントリを取得し、比較を実行して、それらの比較の結果を保存する必要があります。単一の R セッション内で並列クエリを実行しようとしましたが、成功しませんでした。一度に複数の R セッションを実行できますが、より良いアプローチを探しています。これが私が試みたものです：
エラーは発生しませんが、1 つのコアのみがスピンアップします。対照的に、複数の R セッションを実行すると、すべてのコアが使用されます。私は何を間違っていますか？
r - 計算がハングする: rstan、plyr、および doMC
および並列計算rstanを使用して簡単な例を実行しようとしています。次のコードは、下部近くでコメントアウトすると正常に完了しますが、そのままでは、への呼び出しでセッションが無期限にハングします。Mac OS 10.11.5 の R GUI で R バージョン 3.3.0 を使用しています。plyrdoMCregisterDoMC(cores = 2)Radply
編集：奇妙なことに、これはLinuxサーバーと私のMacR CMD BATCHでコマンドライン経由で動作します。ただし、R GUI はまだありません。
r - forループの奇妙な動作を含むR foreach
DoMC を使用して並列 foreach ループを構築しようとしていますが、奇妙な動作がいくつか発生しています。コードは次のようになります
- DoMC または DoParallel をロードすると、ループは 1 つのコアを使用し始めますが、2 番目のループでは 4 つのコアすべてを使用します
- for ループを foreach %do% に切り替えると、まったく同じ動作が得られます。
- 外側のループに foreach を使用し、内側を for ループのままにすると、スクリプトが遅くなります。4 ジョブ並列で開始し、すべて停止し、徐々に CPU 使用率が減少します。
私が望むのは、内側の秒ではなく、上のループを並列化することです。誰が何が起こっているのか知っていますか？過去に foreach と doMC を使用したことがありますが、これまでこの問題が発生したことはありません。
r - 実行中の R プロセスの数を制限する方法はありますか
doMCパッケージを利用したものを使用していますmulticore。（コンソールで）デバッグしているときに、横向きになり、fork-bombed .
R には setrlimit() システムコールがありますか? このためのpyhtonでは、resource.RLIMIT_NPROCを使用します
理想的には、実行中の R プロセスの数を制限したい
編集：OSはLinux CentOS 6です