問題タブ [fastq]

コマンドラインツールの入力であるファイルのペアの数がそれぞれ異なる50個のフォルダーがあるとしましょう。

私がする必要があるのは、ファイルをそれぞれのペア (ファイル名ごとに 1 つの r と 1 つの f) に分割することです (単一のペアの場合)。

これを、この形式にする必要がある入力として使用します

そして、すべてのペアをループします。

私はこれをやろうとしていました:

しかし、私はエラーが発生して立ち往生しています${ADDR[ ]}: bad substitution。私は本当に学びたいので、方法の説明を含めていただけませんか。

編集：

少し明確にするために：

これは、私が出力を探しているものです。

しかし、複製せずに：

非常に基本的な質問がありますが、解決できません。同じディレクトリに複数のファイルがあり、ファイルの各ペアを連結したいと考えています。名前は次のとおりです。

Sample1_R1_L001.fastq Sample1_R2_L001.fastq Sample2_R1_L001.fastq Sample2_R2_L001.fastq Sample3_R1_L001.fastq Sample3_R2_L001.fastq

（等...）

私が望む結果は、 cat Sample1_R1_L001.fastq Sample1_R2_L001.fastq > Sample1_concat.fastq のように、サンプルごとに連結することです

このループ、 find を試しました。-name " _R?_ "|ファイルの読み取り中; do "$file" R1 *.fastq "$file"_R2_L001.fastq > "$file"_merged.fastq

しかし、うまくいきませんでした。何かご意見は？

多くのファイル (それぞれ 1 ギガまで) を 1 つのファイルにマージしていますが、マージされたファイルは不完全です。b を a に連結すると、b は最後ではなく途中で連結されます。私が実行しているコマンドは次のとおりです。

また、代わりに

ファイルを調べたところ、マージされたファイルは元のサイズよりもサイズが小さく、途中で連結されていました。

ありがとう

フォルダー内のすべてのファイルに対して実行したいコマンドがあり、コマンドの構文は次のようになります。

私がやりたいのは、任意のフォルダー内のすべてのファイルをループし、入力ファイル名を使用して同様の異なる出力ファイル名を作成するスクリプトです。ファイル名は次のようになります。

入力を機能させるのは簡単に思えます:

それを出力パラメータとして使用して使用しようoutput=${f,.fastq,.bam}としましたが、うまくいきません。私が得るのはエラーだけです: line 3: ${f,.fastq,.bam}: bad substitution. これは私がやりたいことをする方法ですか、それとも何か他のことをするべきですか? それが正しい方法である場合、私は何を間違っていますか?

[編集]：

すべての答えをありがとう！おまけの質問ですが...代わりに、次のような名前のファイルがある場合はどうなりますか:

...ここで、任意の数のサンプルを使用できますが ( sampleX)、それらすべてに 2 つのファイルが関連付けられています (_1および_2)。コマンドは次のようになります。

したがって、出力は 1 つだけで、次のようなことができますが、関連付けられている両方のファイルを取得すると同時に、"${f/_[1-2].fastq/.bam}"毎回 1 回だけ反復するループを取得する方法がわかりません。アイデアはありますか?sampleX

[編集 #2]:

それで、これがトリックを実行した最終的なスクリプトです!

ゲノミクス アプリケーションに perl を使用する方法を学習中です。ペアエンドリードをクリーンアップしようとしています (1 フォワード、1 リバース)。これらは2つのファイルに保存されていますが、行は一致しています。私が問題を抱えているのは、関連するサブルーチンを 2 番目のファイルから読み取ることです (初期化されていない値に関する警告が表示されます)。

これらのファイルは 4 行のブロック (fastq) で設定されます。最初の行は実行 ID、2 番目はシーケンス、3 番目は "+"、4 番目は 2 行目のシーケンスの品質値を保持します。

このコードを 1 つのファイルにのみ適用した場合は特に問題はありませんでしたが、複数のファイルを処理する方法を誤解していると思います。

どんなガイダンスも大歓迎です！

このシナリオでの私の警告は次のとおりです。./pairedendtrim.pl 137 行目、4 行目の減算 (-) での初期化されていない値 $thisline の使用。