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python - FiPy フォーク エラー
現在、ローカル クラスター (Scientific Linux 6.9 および Python 2.7.8) で fipy を使用して、ドリフト拡散計算を実行しようとしていますが、並列で解決するのが困難です。--trilinos オプションを呼び出してスクリプトを実行しようとすると、次のエラーが発生します。
プロセスは、子プロセスを作成するための「fork()」システム コールの呼び出しを含む操作を実行しました。Open MPI は現在、メモリの破損やその他のシステム エラーを引き起こす可能性のある状態で動作しています。ジョブがハングしたり、クラッシュしたり、サイレント データ破損が発生したりする可能性があります。fork() (または system() または子プロセスを作成するその他の呼び出し) の使用は、強く推奨されません。
fork を呼び出したプロセスは次のとおりです。
ローカル ホスト: [[20666,15131],0] (PID 21499)
アプリケーションが fork() の呼び出しに成功し、正しく存続することが絶対に確実な場合は、mpi_warn_on_fork MCA パラメーターを 0 に設定して、この警告を無効にすることができます。
簡単なスクリプトでこのエラーを分離しました。
したがって、mpi4py と fipy の間に競合があると思いますが、競合を診断する方法がわかりません。インストールで欠けている簡単なものはありますか? pip を介して fipy と mpi4py をインストールしました。PyTrilinos はソースからインストールされます。
fipy - Fisherモデルを使用してFipyで粒界拡散を計算するにはどうすればよいですか?
私はfipyが初めてで、次の一連の方程式でFisherモデルを使用して粒界拡散を計算できるかどうかを知りたいです:
粒界とバルクの境界での条件:
ここで、c はバルクの濃度、cb は粒界の濃度、D はバルクの拡散率、Db は粒界の拡散率です。また、d は粒界幅に対応します。
ありがとう。
よろしくお願いします、
エイドリアン
python - FiPy を使用して非線形偏微分方程式を解く - グリッドと拡散項 #Python
fipy を使用して非線形 pde を解決しようとしていますが、使用法に関していくつか質問があります。
1- grid1D オブジェクトを 0 ではなく特定の数値から開始するように設定できますか?
2- x を拡散係数として係数変数を使用することは可能ですか (ファイが t と x の関数である場合)? そして、それを行う方法は？
python - Fipy Grid3D 'インデックスには単一の省略記号のみを含めることができます' エラー
fipy を使って微分方程式を解くことに興味があります。
Grid2D を使用している場合、次のコードは正しく機能しています。
Grid2D (コメント行) の代わりに Grid3D を使用している場合、次のエラーが発生します。
https://www.ctcms.nist.gov/fipy/INSTALLATION.htmlの «推奨される方法» を使用して fipy をインストールしました。Pthon 3.6 と Python 2.7 の両方に Miniconda を使用してインストールしようとしましたが、同じエラーが発生しました。
Grid3D を使用して方程式を解くには?