問題タブ [genome]

R に data.frame オブジェクトとしていくつかのベッド ファイルがあります。ここで、要素ごとにリーン 2 ベッド ファイル間のオーバーラップを見つけたいと考えています。

私の質問を明確にするために、最初のベッドファイル（すでにデータフレームオブジェクトにある）で行ごとにテストを行う必要があるため、データフレームの1行のみをクエリとして取得し、それを間隔ツリーが保持する間隔ツリーに渡します2 番目のベッド ファイル (ただし、最初に GRanges オブジェクトを強制する必要があります)。

私のデータは次のようになります:

これは私のコードで、bed.1 で一連の GRanges オブジェクトを反復処理し、findOverlap() 関数を呼び出して、オーバーラップしている GRanges の場所を見つける方法です。このコードでは、私が望む結果が得られません。誰か私を助けて?? ありがとうございました

GenomeDiagram をインストールしようとしていますが、このサイトにアクセスした後、

https://pypi.python.org/pypi/GenomeDiagram/0.1

何も見えない...

作成中の Web サイトにファイルをアップロードする方法を正常に構成しました。ただし、サイトにドロップダウン メニューを含めたいと考えています。ただし、「不一致の選択」と呼ばれるドロップダウン メニューの形式で含めたいと考えています。

models.py: ドロップダウン メニュー用

ドロップダウン メニューの forms.py:

「model=Mismatches」はモデルの Mismatches クラスにリンクし、「field」はオプションを提供します。

ドロップダウン メニューの views.py

「template_name = 'list.html'」は、list.html という html ページにリンクします。「form_class」はフォーム「MismatchesForm」にリンクしています。

ドロップダウンメニューのhtml

コードのテンプレートとしてチュートリアルを使用しましたが、フォームで設定されている変数「mismatch」にリンクする {{ form.mismatch}} で参照したにもかかわらず、html ページに表示されません。 'model' であり、models.py で指定されたオプションへのリンクです。

forms.py でクラスとして設定されているため、html ページにドロップダウン メニューが表示されていないのではないかと考えていますが、アプリ内の urls.py でクラスを参照していません (これを行う方法はありますか)。 ?)...

こんにちは、私はゲノム配列を読み取って、表示される 10 文字の繰り返しを検索しようとしています。私が考えている解決策は、次の 3 つのステップに分けられます。

1. ゲノム配列を読む例: GAAAAATTTTCCCCCCACCCTTTTCCCC
2. 文字列を連続する 10 個のシーケンスにカットします。たとえば、最初に新しく生成された文字列はインデックス 0 ～ 9 になり、次は 1 ～ 10、2 ～ 11、3 ～ 12... になります。
3. これらのシーケンスを ArrayList に格納します
4. 文字列を比較する
5. 繰り返されるシーケンスとそれらが繰り返される頻度を返します。

私が抱えている問題は、古くて大きな文字列から新しい文字列を生成する方法です。たとえば、私のゲノム シーケンスが AAAAGGGGGAAAATTTCCCC の場合、最初の 10 文字のシーケンスは AAAAGGGGGA になり、次は AAAGGGGGAA になります。Javaでそれを行うにはどうすればよいですか？

これは私がこれまでに持っているものです:

私はゲノムデータをいじりたかった：

上記のゲノム配列が与えられた場合、これらの生物が互いにどれだけ密接に関連しているかに基づいて樹状図を作成したかった. 私が最初にしたことは、各種の a、c、t、および g の数を数え、次に配列を作成し、樹状図をプロットすることでした。

種 A と B は同じ生物の変種であり、私は両方が根から共通のクレードから分岐することを期待しています。種 C と D も同様であり、種 C と D は根から別の共通のクレードから分岐し、種 E は残念ながら、樹状図の結果は、種 A と E が共通のクレードから分岐し、次に種 C、D と B が別のクレードにあると混同されていました (かなり混乱しています)。

ゲノム配列の階層的クラスタリングについて読んだことがありますが、それは 2 次元システムにしか対応していないことがわかりました。残念ながら、a、c、t、g の 4 つの次元があります。このための他の戦略はありますか？助けてくれてありがとう！

ゲノミクス データを含む 300 GB のテキスト ファイルがあり、それを開こうとしています。どのテキストエディタを使用できますか?

また、同じサイズの「数百 GB」の 2 つのゲノミクス データ テキスト ファイルを「1 行ずつ」比較して、新たに追加された配列を抽出したいと考えています。

ありがとう、

私はゲノミクスで入札データ ツールを学習する初心者で、このリンクのコマンドとエラーの詳細に何が問題なのかわかりません (長すぎてここにコピーできませんでした)。

https://egyptscholars-my.sharepoint.com/personal/asmaa_ali_egyptscholars_org/_layouts/15/guestaccess.aspx?guestaccesstoken=ltfC3N59y0NBMotKvzZQF1LKoIvIoRwaUg3SbkOAuBo%3d&docid=0aa67f1b2872e4335bc09874e1c94c94