問題タブ [genome]

私は、同じ患者の転移と主な腫瘍の両方で、何千もの遺伝子の mRNA 発現データを見ています。複数の転移があるものから、すべての転移が個別のデータを取得します。表は次のようになります。

各患者と遺伝子のペアワイズ t 検定を実行して、すべての患者の転移と腫瘍の間でどの遺伝子が一貫して異なるかを確認したいと考えています (つまり、患者 A、B、C などの GeneA Met/Main を比較し、すべての遺伝子についてなど)。次に、p 値を調整して 5% の誤検出率を維持します。次のように、すべての被験者をプールする対応のない t 検定を実行することができましたが、対応のある t 検定の実行方法について頭を悩ませることはできません。どんな助けでも大歓迎です。

ENIGMA プロトコルを使用して帰属された、投薬形式の SNP の遺伝子型を受け取りました。plink --dosage [...] --fam [...]を使用してこのデータを分析したい(これは正しい構文だと思います。)

染色体ごとに、次のファイルで構成される tar ファイルを受け取りました。

plink の Web サイトに記載されているように、これらのファイルはいずれも投与量ファイルの仕様に準拠していないようです。(特に、私が推測したように、.dose.gz ではありません)

誰もこれを経験していますか？これらのファイルを変更する必要はありますか?

I'm working on genome databases with MySQL, and I have to take the average amount of transcripts (entries in each table) for each gene (tagged on its own column, so every transcript for the same gene has the same number). For example: transcript_name chr start end exons gene_name

I've tried with this code, but didn't worked:

How can I count how many times each tag appears and the take the average on MySQL?

参照ゲノムが更新されたので、この最後のリリースで新しい座標を見つけるために、古い配列 (bed ファイルから) から fasta を取得する必要がありました。

それで、「my.fasta」という名前の私のfastaファイルから（35のシーケンスで）

これに従って「DNAStringSet」オブジェクトを作成しました。

最後に、rGADEM を使用して fasta から座標を抽出しようとしました。

つぼみは機能しませんでした。fasta ファイルから座標を抽出するにはどうすればよいですか? IRange、ベッド、またはそのようなものが必要です。ありがとうございました。

mysqli データで生成されたテーブルに各遺伝子のゲノム領域への直接リンクを追加しようとしていますが、方法がわかりません。アイデアは、すべての遺伝子名がゲノム ブラウザ上のその領域へのハイパーリンクを持っているということです。

ユーザーが選択した遺伝子に応じて、遺伝子ごとにリンクを動的に生成する必要がある場合に問題が発生します。

私はこれを試しました：

$genomeは、各種およびアセンブリに固有の URL のパーであり、$row['name2']各遺伝子の名前です。