問題タブ [genomicranges]
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merge - ゲノム範囲 - 単一ファイルの重複をマージ (R STUDIO)
ファイル内でオーバーラップしているリージョンを見つけて、以前の開始と後の停止を維持しながらマージしたい (2 つのリージョンを 1 つにマージ)
Genomic Ranges を使用するつもりでしたが、スクリプトのコーディング方法がわかりません。
これは、ファイルfileA.txtに含まれるものです。
脚本：
単一のファイルにクエリと件名を設定する方法がわかりません。また、ドキュメントであるオブジェクトには、スクリプトで認識されるために、あらゆる種類の "" または特定の形式 (bedGraph、txt は問題ありませんか?) が必要ですか?
よろしくお願いします。
K.
r - as.vector(x) のエラー: この S4 クラスをベクトルに強制するメソッドがありません
次のコマンドを使用して、bash のコマンド ライン (CentOS 8 を使用しています) で R スクリプトを実行しようとしています。
cat 1_myScript.R | R --slave --args $SAMPLE"_x" $SAMPLE"_y"
$SAMPLE は、R スクリプトで次のように指定した引数です。
> args<-commandArgs()
> aaa<-args[4]
この構文は常にすべてのスクリプトで機能しましたが、次のエラーが表示されます。
as.vector(x) のエラー: この S4 クラスをベクトルに強制するメソッドがありません
呼び出し: setdiff -> setdiff.default -> -> as.vector
実行停止
奇妙なことに、R コンソールでこのスクリプトを実行しようとすると、
>source("1_myScript.R")
エラーなしで続行します。調べたところ、スクリプトで使用したライブラリ「GenomicRanges」にリンクされている機能のようです。これが私のスクリプトの本文です（失敗した正確な行がわからないことに注意してください）：
r - GenomicRangesパッケージを使用してRで分析するためにデータを入力する方法は?
このようなデータを作りたい
これが私のデータです
私の質問は、私のデータを上記のデータのように見せる方法ですか?
誰でも私を助けることができますか？私はデータの入力にあまり慣れていません。
助けてください！