何か足りないのでしょうか、それとも Gephi スクリプト コンソールの奇妙なバグですか?

コンソールにはエッジが表示されますが、ノードは表示されません

例えば

Gephi で提供されるデータセットPower Grid.gmlを使用して、エラーを再現できます。たとえば、 here のいくつかのデータセットでこれをテストしたところ、同じエラーが発生しました。

私は何か間違っていますか？

グラフを描画しようとしていますが、UI からノード サイズを設定する方法がわかりません。

私は他のグラフを見てきました ( http://dhs.stanford.edu/dh/gephi/dhstanford2.html )。

これがどのように行われるかわかりませんでした。それに比べてNodeXLにはSizeという欄があるので、そこまで難しくありません。

私がやろうとしているのは、ラベル伝播アルゴリズムの視覚化です。特定の時間内にノードのラベルを変更する必要があるため、そのラベルに応じて、ノードはそのラベルの色を想定する必要があります。

ここでの Gephi のトリックの部分は、gexf ファイルからラベルを動的に変更する方法です。これにより、Gephi を設定して、異なるラベルに異なる色を表示したり、ファイルで直接色を変更したりできます (ただし、タイムスタンプに応じて、ではなく)静的な方法で)。

私はその質問が非常に具体的であることを知っていますが、以前に SO の周りで Gephi ユーザーを見ました。

ありがとうございました！

いくつかの視覚化仕様を含むグラフ ファイルをエクスポートしようとしています。マルチレベルの属性を追加する方法がわかりませんでした。

ノードに属性を追加する

私がしたいのは、位置を追加することですが、特定の属性 (名前と構造) を使用することです

これは動作しません

私は実際に2つの質問があります:

1. マルチレベル属性を追加する方法
2. 繰り返しでこれを行う方法はありますか (まだ関数を書くことはできますが、見たことのない networkx から行う方法があるのだろうか)

情報: 私が本当に求めているのは、ネットワーク グラフを gexf ファイルにエクスポートする方法です。このファイルは、gephiを経由せずにgexf-jsで開くことができます。

PS:この質問とこれに関連する他の質問がありますが、私の知る限り、彼らは私が何を求めているのかを扱っていません。

.mat ファイルに保存されている隣接行列をGephiで視覚化したいと考えています。.mat ファイルに保存されている隣接行列を GML ファイルに変換するにはどうすればよいですか? Matlab にアクセスできません。

次の問題があります: R を使用してグラフとしてエクスポートすることにより ~100 MB のファイルを作成しました (したがって、必要に応じて再エクスポートできます)。gephi (0.8.2) でファイルを開く必要があります。 ~170k のエッジとすべてのノードにはいくつかの属性があります。

すべての属性を必要なものだけに減らしましたが、それでも Gephi は開きません。私は 4 GB のメモリを搭載したラップトップを実行しており (不要なものはすべてシャットダウンしました)、Java 64 ビットを使用しています。それでも、私はまだ次の問題を抱えています：

java.lang.RuntimeException: java.lang.IndexOutOfBoundsException: Index5、サイズ: 5

以前のようなメモリの問題ではないと思います。最も問題のある時点でも、まだ十分な (少なくとも 600 MB までの) 空きメモリがあります。構成ファイルは次のように設定されています: Xmx2827m

ファイルは現在 GML としてエクスポートされていますが、igraphがエクスポートできる任意の形式を使用できます。したがって、ノード、エッジ、および属性を含むファイルをgephiで開くことができるソリューションは大歓迎です。GML を選択したのは、属性をサポートする最小のファイル形式に思えたからです。

何か案は？

お時間をいただきありがとうございました！

データフレームを操作しようとしています。例として、顧客と顧客が訪れるショップを含むデータフレームがあるとします。

このデータフレームを要約すると:

• 1 人の顧客 ( ) は、および でb買い物をします。XY
• 1 人の顧客 ( ) は、および でb買い物をします。YX
• 1 人の顧客 ( ) は、および でc買い物をします。XZ
• 1 人の顧客 ( ) が で、また でc買い物をするZX

または、より簡潔に:

変換ができるメソッドを探していますdf -> relations。この背後にある動機は、 で引数relationsとして使用できることです。どんな助けにも乾杯。edgeswrite.gexf

非巡回グラフ、つまりツリーがあります。

グラフの各ノードには、グリフで表示する必要があるいくつかの属性があります。

各グリフのサイズが 100x100 ピクセルであるとしましょう。

xy 空間にノードを配置する最大 100,000 ノードに対して高速で効率的なアルゴリズムを探しています。

データセットを表示するために、gephi を使い始めました。データセットには次が含まれます。

ノードとしてのタグ (特定の画像の用語)

これらのタグ間の正規化された Google 類似度重み付きエッジとしての距離(0 と 1 の間)

両方のタグが同じ画像に属している限り、すべてのタグは他のすべてのタグに接続されます。したがって、すべての画像に対してノードとエッジのクラスターが 1 つあります。

このデータセットを次の形式で gephi にインポートしました。

ノード: ID、ラベル

エッジ:ターゲット、ソース、重み (0 と 1 の間)

500 のノードと 6000 のエッジのように。

私の問題は、これらすべてのノードとエッジをインポートした後、グラフが実際の順序でまとまっていないように見えることです。すべての画像のすべてのクラスターは、他の画像の他のクラスターに混合されます。モジュール性をパーティション アルゴリズム (Louvain メソッドを使用する必要があります) として使用すると、グラフが色付けされ、各色が画像を表します。Force Atlas 2 レイアウトを使用して、この混乱を分割できます。

15 個のクラスターのような色付きのグラフができました (すべてのクラスターが 1 つの画像を表します)。

ここで、正規化された Google 距離 (エッジの重み) に従ってタグ (ノード) を使用してこれらのクラスターを再度クラスター化したいと考えています。

私が達成したいことを皆さんが理解してくれることを願っています。それを明確にするために写真をアップロードすることもできます。

どうもありがとう

R からエクスポートして Gephi で視覚化したい関数の結果があります。

結果は、このようにリストされた79.552ペアです

ペアをエクスポートしたくないので、.csv でこのようにします

私はwrite.tableこのような関数を使用しています。kj.csvファイルはどこにありkj、保存された関数はどこにありますか。

結果の .csv ファイルのサンプルは次のようになります (同じ数値ではありません)

誰でも私を助けることができますか？