問題タブ [ggbiplot]

現在の ggbiplot (以下のコード) は、X 軸の値が -5 から 5 まで、Y 軸の値が -4 から 4 までを示しています。X 軸の値が -6 から 6 まで、Y 軸の値が -6 から 6 になるように変更するにはどうすればよいですか? ?

ありがとう。

コード：

ggbio パッケージの track 関数を使用していますが、x 軸のサイズを変更できません。

df データフレーム:

コード：

この例では、y 軸だけがテーマによって変更されてい(size =20)ます。x 軸は非常に小さいままです。興味深いことに、トラック機能を使用しない場合、2 つの軸 (x と y) は通常、目的のサイズに変更されます(size =20)。

ただし、実際のデータからトラックにプロットするオブジェクトがいくつかあるため、トラック機能を使用する必要があります。それが機能しない理由はありますか？

多変量データを使用して PCA バイプロットを作成しています。

で線分の色/透明度/位置を指定する方法はありますggbiplotか? このコマンドの引数は、このオプションを提供しません。

私ggbiplotはに基づいていることを知っggplotています-おそらくaes引数を受け入れますか? または、作成されたプロットの上に 1 つのレイヤーの色/透明度/位置を設定して、デフォルトを上書きできますか?

具体的には、位置に関しては、可能であれば線分をジッターしたいと思います（ただし、線分をより透明にすることで、おそらく問題は解決します）。

データを使用した実際の例iris:

どうもありがとうございました - どんな助けでも大歓迎です!

敬具。

R を使用してデータの PCA 分析を行おうとしています。私のデータは、それぞれ 3 つの生物学的複製 (つまり 6 行) と約 20000 の遺伝子 (つまり変数) を持つ 2 つのサンプル タイプです。まず、ガイドに記載されているコードで PCA モデルを取得してもうまくいきません。prcompggbiplot

ただし、scale. = Tパーツを削除すると、問題なく動作し、モデルが得られます。これはなぜですか? また、これが以下のエラーの原因ですか?

次に、PCA をプロットします。基本的なコードを使用しただけでも、エラーと空のプロット イメージが表示されます。

これはどういう意味ですか?どうすれば修正できますか? PCA を作成する際の (非) スケールと関係があるのでしょうか、それとも何か違うのでしょうか? 標準的なサンプル コード (以下) を使用すると、非常に優れた PCA プロットが得られるため、これは私のデータに関係しているに違いないと思います。

[編集 1] データを 2 つの方法でサブセット化しようとしました: 1) すべての列を削除するとすべての行が 0 になり、2) すべての列を削除するとすべての行が 0 になります。最初のサブセット化ではエラーが発生しscaleますが、エラーは発生しません。 0 の列を削除したもの。どうしてこれなの？これは PCA にどのように影響しますか?

また、元のデータ（スケーリングされていない）と上記のサブセット化されたデータの両方に対して通常のbiplotコマンドを使用してみましたが、どちらの場合も機能します。だから、それは何かと関係がありggbiplotますか？

[編集 2] すべてのゼロを削除しないとエラーが発生し、削除すると機能するデータのサブセットをアップロードしました。私は以前にgistを使用したことがありませんが、これだと思います。それともこれ...

313 11875 の薄暗いデータセットdata$cell_line.svaがあります。

機能名を削除するにはどうすればよいですか? (赤い文字)