問題タブ [ggbiplot]

ggbiplot を使用して PCA の結果を描画しようとしていますが、補助変数を描画するにはどうすればよいですか? MCAの結果に関するこの議論を見つけましたが、矢印も欲しいです...

その上、このコードは私にエラーを与えます:

次の 7 つの変数を含む PCA プロットがあります (以下のデータとコードを参照)。ここで、変数名を添え字にします。 ただし、ggbiplot() では、変数名は PCA の生成に使用された行列の列名から自動的に取得され、(私の知る限り) これらを手動で追加するオプションはありません。

したがって、実際の列名に添え字を作成しようとしました

これは、変数名が PCA プロットで "j"["d"],"k"["1"] になるだけです。

この問題の回避策はありますか? たとえば、2 番目の文字を小さくするか、似たようなものにしますか?

プロットは次のデータを使用して生成されました。

そしてコード：

この質問はすでに少なくとも 2 回行われていることは認めますが、提供された回答はどれも役に立ちませんでした。

wine私のデータは ggbiplot の例と非常に似ているので、これを使用して問題を説明します。

データポイントを異なる色と形にしたいので、カラーで印刷するときれいに見えますが、白黒で印刷しても識別できます。これは実際には問題なく機能しますが、凡例はうまく機能しません。

これを生成します：

伝説は明らかに私が望むものではありません。形状と色は同じ凡例にある必要があります。

（おまけとして、ポイントから小さな線を削除したいのですが、それが簡単にできない場合は、それらと一緒に暮らすことができます. ）

こことここで提案されていることはすでに試しました。

最初の提案

このエラーメッセージが生成されます（プロットはまったくありません）

(最後の 2 行は、「coords$size * .pt のエラー: 二項演算子の数値以外の引数」に変換されます)

2つ目の提案

このエラーメッセージが表示されます

色付きの楕円、色付きの点を持つ凡例、黒のデータポイントを持つ面白いプロット。

残念ながら、R プロットに関する私の知識は、これを理解するには不十分です。誰かが私を正しい方法で指摘できますか?

180 要素の特徴ベクトルがあり、それに PCA を適用しました。問題は、最初の pc の分散が大きいことですが、この pc1 と pc2 のバイプロット ダイアグラムによると、これは外れ値が原因で発生しているようです。これは私には奇妙です。

どうやら最初の PC は、ここで分類するための最良の指標ではありません。

pc2 と pc3 のバイプロット図も次のとおりです。

これにはRを使用しています。なぜこれが起こっているのか、どうすれば解決できるのでしょうか? 外れ値を削除する必要がありますか? はいの場合、R による最善の方法は何ですか。

- 編集

データを正規化するために使用prcomp(features.df, center= TRUE, scale = TRUE)しています。

サンプルの ggbiplot スクリプト プロットには 3 つのグループがありますが、マーカーの色と形状を変更するにはどうすればよいですか?

経由で入手可能な ggbiplot ライブラリを使用する次のコードが与えられますdevtools::install.github()。

グループ化に基づいてデータ ポイントの境界線をカスタマイズする最良の方法は何ですか? これらのデータ ポイントの色をカスタマイズするために scale_color_manual() を使用しましたが、境界線に対してそれを行う方法が思いつきません。

ありがとう