問題タブ [ggbiplot]

私は ggbiplot() を使用しており、データポイントの色と形状を操作して、よりプリンターに適したものにしたいと考えています。現在、ggbiplot() からデフォルトの虹色を取得しています。引数「+ scale_colour_discrete」と「+ scale_shape_manual」を使用してみましたが、「groups =」引数 ggbiplot がこれらをオーバーライドしているようです。"groups=" 引数を削除すると、楕円を描画できなくなります。「+ テーマ」引数は問題なく機能します。私のコードは以下です。通常の biplot() 関数で色/形状をより簡単に操作できることはわかっていますが、ggbiplot() によって提供される信頼区間の楕円が気に入っています。

I have a data which can be download from here https://gist.github.com/anonymous/5f1135e4f750a39b0255

I try to plot a PCA with ggbiplot using the following function

however, it is very difficult to see the biplot lines names,

is there any way to make it more clear or show it better ?

複数の環境変数に関するデータを収集した 2 つの生息地タイプのプロットで PCA を実行しています。ポイントの色をggbiplotのデフォルトから変更できました。各ポイントのサイズをそのプロットのキャノピー カバーに依存させたいのですが、次の方法でそれを行うことができました。

ここで、df$canopy.cover値の範囲は 0 ～ 100 および 0.1 です。これは、100% のキャノピー カバー = ポイント サイズ 10 であるためです。

問題: ポイントのサイズを変更した後、2 つのグループに関連付けられた色を維持できません。次の疑似データを使用します。

次のようなものが得られます。

交換すると：

と：

ggbiplotに従って - ポイント サイズを変更すると、次のエラーが表示されます。

助言がありますか？ありがとう。

編集: いくつかの PseudoData を試してみましょう:

大規模なデータセットがあり、PCA をプロットしようとしていました。結果のプロットにはかなり満足していますが、いくつか変更したいと思います。

矢印: 背景にあり、データ ポイントで覆われているように見えます。1)どうすればそれらをフォアグラウンドにできますか? 2) どうすれば色とフォントサイズを変更できますか?

楕円: 3) 線を太くするには?

凡例 4) プロット自体の右上に配置する方法は?

前もって感謝します！！

そのグラフを取得した方法は次のとおりです。

Is it possible to change colour of the variables (vectors and their names) shown in ggbiplot? There is such option for observations, but I cannot find one for variables. Thanks.

を使用して叙階パッケージに取り組んでいますggplot2。現在、ローディングを矢印で表す従来の方法でバイプロットを作成しています。キャリブレーションされた軸を使用し、負荷軸を原点を通る線として表し、負荷ラベルをプロット領域の外側に表示することにも興味があります。ベースRでは、これは実装されています

しかし、私は解決策を探していggplot2ます。でこのようなことを達成する方法を考えている人はいますggplot2か? プロット領域の外側に変数名を追加することは、ここのように行うことができると思いますが、プロット領域の外側の線分をどのようにプロットできますか?

現在私が持っているのは

積載量はord$rotation

原点、外側の目盛り、および軸領域の外側のラベルを通る線を追加するにはどうすればよいですか (ラベルの重なりに対して上記で適用されたクールなジッターを含む可能性があります)。

注意: クリッピングをオフにしたくありません。プロット要素の一部がバウンディング ボックスの外に出てしまうことがあるためです。

編集:他の誰かが以前に同様の質問をしたようですが、質問にはまだ答えがありません。ベースRでこのようなことを行うには（醜い方法ではありますが）、たとえばできることを指摘しています。

最小限の実行可能な例は次のとおりggplot2です

しかし、ラベルには運がないことがわかるので、クリッピングをオフにする必要のない解決策を探しています。

EDIT2：関連する質問のビットは、因子負荷の座標系を表示するために、X軸の上部とY軸の右側にカスタムブレーク/目盛りとラベルを赤で追加する方法です? （矢印をより明確にするために因子スコアに相対的にスケーリングする場合、通常は単位円と組み合わせます）

私はRに非常に慣れておらず、ggbiplotを使用してデータのPCA図をプロットしようとしています. 私の質問が意味をなさない場合は、ご容赦ください。基本的に、私はここで見つけたチュートリアルに従っていましたが、独自のデータセットを使用していました.

以下のコードを使用して図をプロットするまでは、すべて問題ありませんでした。

次に、次のようなエラーが発生しました: Names(ell)[1:2] のエラー <- c("xvar", "yvar") : 'names' 属性 [2] はベクトル [0] と同じ長さでなければなりません

その後、コードを編集し、groups =のデフォルト設定を使用しました。思い出すと、これは = NULL である必要があります。

編集したコードを使用して、PCA の図をプロットすることはできましたが、観測を希望どおりに異なるグループに分類することはできません。エラーの意味はまだわかりませんが: Error in names(ell)[1:2] <- c("xvar", "yvar") : 'names' attribute [2] must be the same length as theベクトル [0] 、私はそれが私の要因ir.ppmと関係があるのではないかと疑っています。

エラーが発生する前に使用したすべてのコードを次に示します。

合計で、生データ ppm3 には 6 つの観測値と 31 の変数があります。

stackoverflow で ggbiplot を使用して PCA 図をプロットすることに関連するいくつかの質問を閲覧してきましたが、私と同じ問題に遭遇した人はあまりいないようです。誰かが私に助けを提供してくれれば、本当に感謝しています。ありがとうございました。

やりたいことの例を提供するために、虹彩データを変更しました。以下のリンクで提供されているように、虹彩データに列を追加します。この追加の列には、臓器に基づくいくつかのグループもあります。

次に、PCA を実行してプロットします。色と形で区別された 2 つのグループをプロットに入れたいと思います。器官は 4 つの形で区別されますが、プロットに示されている青色を除いて種は色で区別されません。