問題タブ [hierarchical-clustering]

マトリックスデータがあり、ヒートマップで視覚化したいと思います。行は種であるため、行の横にある系統樹を視覚化し、ツリーに従ってヒートマップの行を並べ替えます。Rの関数で階層的クラスタリングヒートマップを作成できることは知っていheatmapますが、プロットでデフォルトで作成された距離クラスタリングの代わりに、系統的クラスタリングを使用するにはどうすればよいですか？

現在、JavaScriptライブラリClusterfckを使用してデータのグループ化を実行しています。このライブラリは、次の形式で配列を生成します。

しかし、データ視覚化のためのjavascriptライブラリは、以下に示すように、D3.jsとJitがJSON構造をどのように使用するかを示しています。

JavaScriptまたはPHPを使用して、これらの構造を変換したいと思います。誰か助けてもらえますか？

私の混合モデルは次のとおりです。

以下のコードを適用して残差と近似値をプロットするように言われましたが、うまくいきました。

ただし、予測変数である単位に対して残差をプロットしようとすると、エラーメッセージが表示されました。

この問題を解決するにはどうすればよいですか？ありがとう。

D3.jsを使用して、ユーザーがクルートリングの結果を確認できる樹状図を生成しました。ただし、表示をきれいに保つために、親ノードはできるだけ単純に保つ必要があります（テキストや円は使用しないでください）。

これが現在のデータの表示方法です：http：//i.imgur.com/Cz52Fhl.png

そして、これは私がそれをどのように見せたいかの例です（方向は重要ではありません、重要なのは内部ノードにテキストや円がないことです）：http: //i.imgur.com/Oo2A0b7.png

コード...

私は現在、薬物を分析し、結果を類似パターンに従ってグループ化するバイオインフォマティクスのプロジェクトに取り組んでいます。

これには、ユークリッド距離やマハラノビス距離などのアルゴリズムを使用します。私は現在Clusterfckライブラリを使用していますが、これは非常に限られており、デフォルトから完全に情報を生成します。

これらの計算を実装した JavaScript や PHP のライブラリが他にあるのではないでしょうか。

で混合クラスタリングを行うことは可能Weka Knowledge Flowですか? K-means アルゴリズムの出力を階層的クラスタリングの入力にリダイレクトできますか? ありがとう。

D3 PhylogramのライブラリFigueからの戻り配列を変換したいと思います。この関数をビルドしましたが、うまくいきません:

以下に、 D3のデータの例を示します。

そしてここで、図から返された配列のピース(上記の関数を使用):

opencv 2.4.2 からのメソッド hierarchyClustering を使用しようとしています。

エラーなしで動作しますが、問題は、それが受け入れるパラメーターを理解していないことです。分岐...

そして、常に1つのクラスターしか得られないという問題が発生すると思います。

私の入力は cv::Mat の LBPH 機能 (顔検出用) です。行数は 12 で、列数は 6272 です。分岐係数の値が何であれ、常に 1 つのクラスターしか取得せず、その重心は行の平均です。入力行列 grouppeed_one_ferson_features から。アドバイスいただけますか???

どうもありがとうございます！！！

コードは次のとおりです。

私は統計やデータ分析の専門家ではないので、得られた行動が正しいかどうかわかりません。私はここであなたの助けを探しています。

クラスター化したいこれらのサンプルがあると仮定します（平面内の10ポイント-問題の縮小版）：

それらをクラスター化するには、クラスターツリーを使用できます

これは（によってdendrogram(Z,10)）

次に、ツリーのノードに接続されている距離に基づいてクラスターを抽出します。

私の距離がだと言うと、私150は電話を期待します

2クラスターを返します。しかし、それは私に1つだけを与えます（私は推測します）、すなわち

私は何が欠けていますか？