問題タブ [imagej-macro]

画像のすべての点の強度が欲しいのですが、どの関数を呼び出せばよいですか? 私の写真のピクセルが125 x 125であるとしましょう。(0,0)から(125,125)の強度が必要です。座標を与える関数はありますか?このような強度を返します

ファイルを開くダイアログを開くマクロ/スクリプトを作成し、選択した画像を BF を使用してさまざまなオプションでインポートしたいと考えています。

ここで後半を行うためのこのJSスクリプトを見つけました：

また、ここで通常のマクロ言語ファイルを開くダイアログを見つけました：

JS スクリプトでこれらの両方を行うにはどうすればよいですか? 具体的には、JS でファイルを開くダイアログを作成するにはどうすればよいですか?

Javascript よりもマクロ IJM 言語で両方を実行する方が簡単な場合、BF オブジェクトを作成してインポート オプションを設定するにはどうすればよいですか?

多くの画像を含むフォルダーがあります。これらは 3 つのイメージのセットにグループ化され、1 つのファイル名は で終わりdsRed).tif、別のファイル名は で終わり、もう1 つのファイル名は でFITC).tif終わりますDAPI).tif。

ファイル名の末尾に応じて、ImageJ に各画像に対して異なる処理を行うように指示するにはどうすればよいですか?

さまざまなしきい値を実行するようにマクロを設定しようとしました。たとえば、次のようになります。

http://imagej.1557.x6.nabble.com/open-file-with-specific-partial-name-td5002910.html および http://rsb.infoにあるスクリプトに基づくさまざまなファイル名に 変換します。 nih.gov/ij/macros/Batch_RGB_Merge.txtですが、私の 3 つのファイル名末尾で機能する場合、フォーマットに問題があります。

ループ

出力を与える

ただし、コメントを外すimageRows = 6;

期待値を与える：

ImageJ は Rhino エンジンを使用して Javascript マクロを実行します。

注: 上記のループは、別のループ内にネストされています。ただし、デバッグの目的で、外側のループ内の他のすべての行をコメントアウトしました。

編集：価値があるので、外側のループの残りを次のようにx'dしました：

とまったく同じ動作。

「-batch」スイッチを使用して shell() を使用して画像分析のために ImageJ を呼び出す R スクリプト (他の誰かが作成) があります。

分析は実際に開始されますが、R は分析が完了する前に次の行を実行し続けているようです。そのため、ファイルが作成される前にいくつかのファイルにアクセスしようとします。

デバッガーのブレークポイントで実行し、完了するまで待ってから続行すると、すべて正常に動作します。しかし、全体として実行しようとすると、空のフォルダーを読み取ったためにエラーが発生します。

shell() コマンドには、デフォルト値が「TRUE」のオプション引数「wait」がありますが、その完了ではなく ImageJ の起動は、シェルの「終了」と見なされ、R が続行される理由だと思います。では、ImageJ が完了するまで R を強制的に待機させるにはどうすればよいでしょうか? whileループで作成されたファイルの数を確認できることはわかっているので、すべてのファイルが作成されるまで実質的に保持されます。しかし、私はむしろ、よりエレガントで危険性の低いソリューションを持っています。ありがとう！

3 つのチャネル .svs 画像からトリミングされた領域を読み取り、トリミングを .tiff 画像として保存しています。現在、画像は別々の RGB チャンネルで保存されています。

この方法で画像をトリミングします。

与える

次に、画像を保存します。

最終的に 3 つのチャンネル画像ができあがります。

チャンネルを統合したい。

これを行うには、次の 2 つの方法が考えられます。

http://javadoc.imagej.net/ImageJ1/ij/plugin/RGBStackMerge.html

http://rsb.info.nih.gov/ij/developer/api/ij/ImagePlus.html#flatten--

私は試しcroppedImage.flatten()てみました：

RGBStackMergeクラスのインポートも試みました：

そしてやっている

しかし、これは次のようになります。

imagej には小さな問題があります。フォルダに .ti​​f ファイルがあり、3 つの異なるファイル (青チャンネル、緑チャンネル、赤チャンネル) で構成されています。それらを別々の写真に変換したいのですが、緑色のものだけを保持するには、マクロでこれを行いたいのですが、うまくいきません。.tif を開いて、別の画像 (Image-0001、Image-0002、Image-0003) に変換できます。しかし、それらの名前を blueImage、greenImage、redImage に変更したいと思います。

グーグルでこれにたどり着きましたが、これは画像を別のファイルとして保存し、エラーが発生します。

私はこれを機能させることができません、誰が私を助けることができますか?

ありがとう

チャネルをマージしてコントラストを自動的に強調するために、フィジーで非常に単純なマクロを作成しようとしました。

「コントラストを高める」で、マクロの明るさとコントラストウィンドウの「自動」ボタンの使い方がわかりません。チャネル 2 は最初のチャネルよりも強力です。

また、「LUT を適用」を使用すると、次の行があるとエラーが発生します。スレッショルドレベルを変更しましたが、まだ機能しません...

あなたは私に何を提案できますか？

これは他の場所に投稿されており、決して難しい問題ではないことはわかっていますが、FIJI でマクロを作成するのは初めてで、さまざまなオンライン リソースに記載されている解決策を理解することさえ困難です。

一連の画像がすべて同じフォルダーにあり、それらすべてに同じ操作を適用し、結果の Excel ファイルと画像を出力フォルダーに保存したいと考えています。具体的には、画像を開いて滑らかにし、最大強度 Z 投影を行い、画像を同じ相対値にしきい値処理したいと思います。

このしきい値設定は、問題を引き起こす 1 つのステップです。相対値とは、強度ヒストグラムの同じ％が含まれるようにしきい値を設定したいということです。現在、フィジーでは、画像>調整>しきい値に移動すると、画像の特定の割合がしきい値になるようにスライダーを移動でき、開いているウィンドウにその値が表示されます. 私の場合、98% は私が達成しようとしているものです。たとえば、データの上位 2% を除くすべてをしきい値処理します。

しきい値が MIP に適用されたら、それをバイナリに変換して粒子分析を行い、結果 (要約テーブル、結果、画像オーバーレイ.

私のアプローチは、すべてのステップを自動化し、バッチ処理を実行することでしたが、オンラインで見つけた指示に基づいて、自分が書いたものを機能させるのに苦労しています. 代わりに、ディレクトリ内のすべての画像を 1 つずつ開き、作成したマクロを適用して、結果を手動で保存していました。明らかにこれは退屈なアプローチなので、どんな助けも大歓迎です!

単純なマクロに使用しているもの：