問題タブ [knitr]

RStudio0.96のRMarkdownknitrドキュメントから画像をアップロードしようとしています。最小限の例となる次のコードを実行してみました。ただし、次のエラーメッセージが表示されます。

• このエラーメッセージの原因は何ですか？
• knitrを使用して画像をImgurにアップロードし、このエラーメッセージを回避するにはどうすればよいですか？

Rstudio 0.96 の R Markdown ファイルで「Knit HTML」を押すと、どのコマンドが実行されますか?

私の動機は、別のテキスト編集環境にいるときに同じコマンドを実行したい場合や、コマンドをより大きなmakefile.

Sweaveからに切り替えてknitr、とても気に入っています。Yihuiに感謝します！

私を悩ませ続けていることの 1 つは、プロット ウィンドウがポップアップしてアクティブになることです。そのため、作業中に書いてknitrいると、エディターが頻繁にフォーカスを失います。これは、コード チャンクで生成されたプロットがない場合でも発生します。

これを回避する方法はありますか？

sessionInfo ()それが役立つ場合に備えて、これが私のです：

HTML ヘッダーに配置されているスタイルを使用する必要のない方法で、フォーマットされた HTML テーブルを生成する方法を考えたいと思います。私はすでにこの質問について広く尋ねましたが、ヘッダーの使用について言及した回答と、pandoc の使用に関する別の回答を受け取りました (更新: この質問の後に投稿された新しい回答については、この投稿の下部を参照してください。書式設定された HTML テーブルに必要なすべての HTML 書式設定を 1 か所に書き込む R 関数。

私は最近遊んでいてgvisTable、関連するすべての情報を1か所に書き込むことができます:

次のコード

以下を R Markdown ドキュメントに出力します。

これがコンテキストに配置されると、gvisTable が生成されます。この出力の 2 番目の表を参照してください。

このように、単純な R 関数は、かなり洗練されたテーブルの作成に必要なすべての HTML を出力しました。最終的には、R Markdown に対してのみ、LateX で見られるのと同じ程度のテーブル フォーマット コントロールが必要です。そして、そのような投稿がブログ、シンジケーション、RSS リーダーなどに頻繁に表示されることを考えると、書式設定コマンドが本文にあるとよいでしょう。

質問

• gvis と同様のアプローチ (HTML 本文のスクリプトなど) を使用して、HTML テーブルの書式を設定することはできますか (行、セルの書式設定、セルの高さと幅、フォントなど)。
• そのようなテーブルの作成をサポートする既存の R 関数はありますか?
• この質問の前提は理にかなっていますか、それとも R Markdown を使用して正確な HTML テーブルの書式設定を行うという私のより広い目的を達成するための他の方法はありますか?

アップデート

Joe は私の以前の質問に回答を追加し、3 つのオプション (ボディ内のスタイル、ヘッダーにスタイルを埋め込む JavaScript、スコープ付きスタイル ブロック) について言及しています。したがって、残っている主な問題は、R Markdown コード ブロックでこのようなアプローチを容易に使用できるインターフェイスが存在するかどうかということだと思います。

R マークダウン (knitr パッケージ) で、コード チャンクで計算されたドキュメントの本文内の変数にアクセスできますか?

RStudioチームからの回答によると、「標準」ソリューションは、「RStudioでRマークダウンを使用する」の手順に従い、3番目のスクリーンショットの「公開」ボタンが付いているボタンに注目することです。彼らが構築してくれたことにとても感謝している、素晴らしくシンプルなソリューション。

ただし、素敵な矢印と地球の画像が表示された[公開]ボタンは、どれほどひどく表示しても、プレビューウィンドウに表示されません。

私はRStudio.version()MacOSX Lion（10.7）でRStudio（0.96.231）を使用しており、最新のRバージョンとアップデートmarkdownおよびknitrパッケージを使用しています。私はRPubsアカウントを持っており、 RStudio内からRマークダウンファイルからレンダリングされたhtmlを作成およびプレビューするためのRPubsの指示に従いました。

これは、[公開]ボタンが表示されないことに関するRStudioサポートブログの投稿に関連しているようです。

ただし、実際にコンテンツをRPubに取り込む必要があるため、この質問は異なります。RStudioサポートブログに同様の質問を投稿しました。

Rstudioチームは、RMarkdownソースからRStudioによってレンダリングされたhtmlにグラフィックを埋め込む方法についてすでに回答しています。特に、RStudioがknitrを使用してRMarkdownをレンダリングおよびパッケージ化する方法を説明するこの非常に便利なページを紹介します。

RStudioを使用してRマークダウンをレンダリングする

最後に、R-markdownについて聞いたことがない場合（私はそれを知ったばかりです）、R-markdownの詳細についてはここにアクセスしてください。

コマンドラインニットに相当するものはR CMD Sweave myfile.rnw何ですか？

多くの場合、メインの R Markdown ファイルまたは Knitr LaTeX ファイルがあり、そこにsource別の R ファイル (データ処理用など) があります。ただし、場合によっては、これらのソース ファイルを独自の再現可能なドキュメントにすることが有益であると考えていました (たとえば、データ処理のコマンドを含むだけでなく、データ処理の決定を説明する再現可能なドキュメントを生成する R Markdown ファイルなど)。 ）。

source('myfile.rmd')したがって、メインの R Markdown ファイルのようなコマンドが必要です。の R コード チャンク内のすべての R コードを抽出してソース化しますmyfile.rmd。もちろん、これはエラーを引き起こします。

次のコマンドが機能します。

出力が必要な場合はwhereresults='hide'を省略できます。つまり、 Knitr は R コードをmyfile.rmdinto に出力しmyfile.Rます。

ただし、完璧ではないようです。

• 余分なファイルが作成されます
• 表示の制御が必要な場合は、独自のコード チャンクに表示する必要があります。
• シンプルほどエレガントではありませんsource(...)。

したがって、私の質問: R Markdown ファイルの R コードを取得するよりエレガントな方法はありますか?

R コード出力を生成されたドキュメントにサラウンド形式タグ<pre><code class="r">または<pre><code>. .Rhmtl ではなく .Rmd を使用したいが、同時に余分な HTML 行を挿入したいので、これを尋ねます。出力が で囲まれているため、 egcat("HTML code")を使用すると失敗し<pre><code>ます。

次の .Rmd ファイル (追加の HTML 行を含む) を実行しようとした例では、ファイルが正しく機能しません。

以前、R Markdown を HTML に変換するコマンドについて質問したことがあります。

R MarkdownファイルをPDFドキュメントに変換する良い方法は何ですか?

適切な解決策は、コンテンツ (画像、方程式、html テーブルなど) を可能な限り保持することです。ソリューションは、コマンドラインから実行できる必要があります。良い解決策はクロスプラットフォームでもあり、理想的には依存関係を最小限に抑えて、メイクファイルなどを簡単に共有できるようにすることです。

具体的には、多くのオプションがあります。

• RMD を MD から HTML から PDF に変換するかどうか。または RMD から MD から PDF。または RMD から PDF
• markdownR でパッケージを使用する場合、どのオプションを指定するか
• pandoc、R に組み込まれたパッケージ、またはその他のものを使用するかどうか

これは、提案されたソリューションの合理的なテストを提供すると思われるrmd ファイルの例です。これは、このブログ投稿の基礎として使用されました。