問題タブ [knitr]

Knitr のデフォルト ライブラリを変更する方法はありますか? 次のエラーが表示されます。

私はRStudioを使用し、rstudioのサポートでこの問題に関するトピックを読んでいますが、それでも同じ問題があります。

次のタイプの関数呼び出しを Knitr 経由で R に送信するときに、LyX/knitr でキャッシュをオフにする方法を理解してくれる人はいますか?

またはチャンクで：

ドキュメントを処理するたびに、最初とまったく同じ値が得られます。これは単純に違いないことはわかっていますが、気が狂いそうです。どうもありがとう、-ゲイリー

Slidify の開始に関するこのドキュメントに記載されているように、必要なパッケージを github からダウンロードした後、 slidify を試しています。create_deck() でデッキを作成した後、オンラインで見つけたテスト コードで関数 slideify() を使用しました。これはコードです：

上記のコードを test_slidify.Rmd として保存し、slidify("test_slidify.Rmd") を使用して呼び出しました。ただし、以下の最後で次のエラーが発生し続けます。

最新バージョンの slidify およびその他の必要なパッケージをダウンロードしましたが、それでもこのエラーが発生し続けます。どんな助けにも感謝します。最後に、slidify は .md ファイルのみを作成しますか、それとも通常の Rmarkdown と Knitr のように html ファイルを作成しますか。生成された .md ファイルを html ファイルに変換するにはどうすればよいですか。

（奇妙な）問題に遭遇しました。（pdf）LaTeX原稿をElsevierジャーナルに提出するとき、pdfの構築とチェックシステムで見つけるために図のファイル名を完全にする必要があります。

Sweaveまたはknitrにそれを行うように指示する簡単で便利な方法はありますか?

編集：

• 私はsweaveのinclude=FALSEオプションに精通しています
• また、パッチを適用する能力も十分にあると感じていますutils:::RweaveLatexRuncode

しかし、今のところ、もっと便利でエレガントなものがあることを願っています。

また、.Rnw ファイルを補足資料またはビネットとして配布することも重要です。教訓的な観点から言えば、ソースコードをより複雑にするこれらの微調整は、新しいユーザーに読んでもらいたいと思っています。

print=TRUE(これが、Sweaveで最近導入された機能に本当に感謝している理由でもあります)

私はknitrとLaTeXを使用しましたが、Wordとの互換性が高いように見えるので、Markdownに変更することを考えています（htlatexとPandocは機能しますが、快適とはほど遠いです）。私の現在の問題は、Hmisc パッケージで latex() に代わるものを見つけることです。私が見つけた唯一の代替手段は xtable ですが、複数列を作成するようには見えません。

次に例を示します。

このテーブルを生成します。

データフレーム内の各数値フィールドのヒストグラムを生成する自動 Knitr レポートを作成したいと考えています。私の目標は、実際のフィールドを指定せずにこれを行うことです (このデータセットには 70 以上が含まれており、スクリプトも再利用したいと考えています)。

私はいくつかの異なるアプローチを試しました：

• プロットをオブジェクトに保存し、ループ後に p呼び出すp
  • これは最終プロットのみをプロットします
• プロットの配列を作成しPLOTS <- NULL、ループ内にプロットを追加するPLOTS <- append(PLOTS, p)
  • これらのプロットへのループ外へのアクセスはまったく機能しませんでした
• それぞれをファイルに保存しようとしました.pngが、各ファイルを保存してから再アクセスするオーバーヘッドに対処する必要はありません

プロット デバイスの複雑さが私を逃れているのではないかと心配しています。

質問

次のチャンクがループ内の各プロットをレポートに出力するようにするにはどうすればよいですか? 現在、私が達成できる最善の方法は、それをオブジェクトに保存し、そのオブジェクトをループの外で呼び出すことによって生成される最終的なプロットの出力です。

knitrRStudioで使用するRマークダウンチャンク:

この時点から、プロットをさらにカスタマイズしたいと考えています。

組み合わせanimation packageてマークダウンする方法はありますか？rマークダウンから生成されたhtmlファイルに含めて記述したいアニメーションを生成したい。

もちろん、すでに生成されたrマークダウンファイルからコードsaveHTMLまたはファイルを埋め込むことはできますが、このプロセスを自動化したいです。saveGIF

私はWindows、R 15.1、そして最後のRStudioに取り組んでいます。

タスクは、R の出力 (例: 出力を作成したコードではない) をその形式 (テキストと画像を含む) にキャプチャするファイル (word、rtf、pdf、html など) を作成することです。

これを行う方法は、元の R スクリプトへの変更をできるだけ少なくする必要があります。

テキストや画像だけに関心があれば、?sink または ?pdf を使用します。しかし、簡単な方法で 2 つを 1 つの出力に結合する方法がわかりません。

r2wd を使用して R 出力をエクスポートする方法があることは知っていますが、私の好みでは、元のコードにあまりにも多くのメダリングが含まれています (経験はありませんが、sweave ソリューションにも同じことが当てはまると思います)。

以下は、将来の例のためのサンプル コードです。

更新: Sweave ではなく、ReproducibleResearch タスク ビューの他のオプションを求められました。

理由は次のとおりです。

1. 私は（まだ）LaTeXを知りません
2. LaTeXを知っていても、すべての出力をまとめて順番に単純にダンプするための単純なデフォルトを備えたものが必要です。「単に」とは、余分なコード/ファイル管理のオーバーヘッドをできるだけ少なくすることを意味します。

sweave や brew のようなものがよりスケーラブルであることは理解していますが、小規模なプロジェクト/スクリプト向けのより「シンプルな」ソリューションがあるかどうかを確認しています。

knitrを使用して、データセットの異なるサブセットに対して同じ分析セットを実行するレポートを生成しようとしています。プロジェクトには2つのRmdファイルが含まれています。最初のファイルはワークスペースとドキュメントを設定するマスタードキュメントであり、2番目のファイルには分析を実行して関連する図を生成するチャンクのみが含まれています。

私がやりたいのは、マスターファイルを編成することです。マスターファイルは、データサブセットごとに2番目のファイルを呼び出し、結果を1つのドキュメントに含めます。以下は簡単な例です。

マスタードキュメント：

analysis-template.Rmd：

問題は、knitrが一意でないチャンクラベルを許可しないためanalysis-template.Rmd、2回目に呼び出されたときに編み物が失敗することです。一意のラベルが自動的に生成されるため、チャンクに名前を付けないでおくと、この問題を回避できます。ただし、これは理想的ではありません。チャンクラベルを使用して、エクスポートされたプロットの有益なファイル名を作成したいからです。

考えられる解決策は、現在のシリンダーをチャンクラベルに追加する単純な関数を使用することです。

しかし、knitrがチャンクラベルの位置で式を評価するようには見えません。

また、現在のチャンクのラベルを変更するカスタムチャンクフックを使用してみました。

しかし、チャンクラベルを変更しても、生成されたプロットのファイル名には影響しなかったため、knitrが新しいラベルを利用しているとは思いませんでした。

同じ子ドキュメントを複数回呼び出すことができるようにチャンクラベルを変更する方法についてのアイデアはありますか？それとも、これを達成するための代替戦略ですか？

私は次のRYacas式を持っています：

これのラテックス式は次のとおりです。

この方程式をKnitrが理解できる形式で記述できるようにしたいのですが、唯一の解決策は、ラテックス式をknitrにコピーすることでした。

Rチャンクを作成するとき

それは動作しません。何か案は？どうもありがとう！