問題タブ [lmer]

lmerこのエラーなしで古いコンピューターで使用できますが、新しいバージョン (昨日ダウンロードしたもの) では次のエラー メッセージが表示されます。

この関数に応答して:

古いバージョンよりも偽収束の問題が少ないことを読んだので、新しいバージョンを使用できるようにしたいと思います。上記のエラーなしでこれを実行する方法について、誰でも提供できるヘルプをいただければ幸いです。

私のデータはここにあります: https://dl.dropboxusercontent.com/u/16881915/Rfile.txt

混合モデルがあり、データは次のようになります。

各被験者は errorType (O または P) に 2 つのデータポイントを提供し、各被験者は状態 G (N=30) または N (N=33) のいずれかに属します。errorType は反復変数で、Condition は中間変数です。主効果と相互作用の両方に興味があります。したがって、最初に anova を実行します。

Condition は重要ではありませんが、errorType はインタラクションと同様に重要です。

ただし、lmer を使用すると、まったく異なる結果が得られます。

そのため、lmer の場合、Condition と相互作用は重要ですが、errorType はそうではありません。

また、lmer の結果は glm の結果とまったく同じであり、何かがおかしいと思います。

誰かがなぜ彼らがそんなに違うのか理解するのを手伝ってもらえますか? lmer を間違って使用していると思われます ((errorType | subject) のような他の多くのバージョンを試してみましたが、同様の結果が得られました。

関数 lmer を理解しようとしています。コマンドの使用方法については多くの情報を見つけましたが、実際に何をしているのかについてはあまり知りませんでした (いくつかの不可解なコメントをここに保存してください: http://www.bioconductor.org/help/course-materials/2008/PHSIntro/ lme4Intro-handout-6.pdf )。次の簡単な例で遊んでいます。

lmer が Y_{ij} = beta + B_i + epsilon_{ij} という形式のモデルに適合していることを理解しています。ここで、epsilon_{ij} と B_i はそれぞれ分散 sigma^2 と tau^2 を持つ独立した法線です。theta = tau/sigma が固定されている場合、正しい平均と最小分散を使用してベータの推定値を計算すると、次のようになります。

どこ

また、シグマ ^ 2 の次の公平な推定値も計算しました。

s^2 = \sum_{i,j} alpha_i (y_{ij} - c)^2 / (1 + シータ^2 - ラムダ)

これらの推定値は、lmer が生成するものと一致しているようです。ただし、このコンテキストで対数尤度がどのように定義されているかわかりません。となる確率密度を計算しました。

どこ

しかし、上記のログは lmer が生成するものではありません。この場合、対数尤度はどのように計算されますか (ボーナス マークの場合はなぜですか)。

編集:一貫性のために表記を変更し、標準偏差推定の誤った式を削除しました。

私はまだ R にあまり慣れていないので、lmer関数を使用して混合効果の線形モデルを構築したいと考えています。
毎回 2 つのモダリティを持つ 3 つの独立変数があります。

• グループ (G3 および G5)
• 周波数 (LF および HF)
• 条件 (NR および PH)

および 1 つの従属変数:

• 反応時間 (RT)。

ここに私のデータのサンプル、データの抽出がありますmanipfreq:

特に私が興味を持っているのは：

• 主な効果: 「グループ」、「頻度」、「条件」
• 双方向の相互作用 : 「条件*グループ」および「条件*頻度」</li>
• 三者交流: 「グループ*頻度*条件」</li>

また、NR 条件のみでの双方向の相互作用「グループ*頻度」

IV と、切片と傾斜にある被験者とアイテムに関連する変動性との間の相互作用を考慮したモデルを作成しました。
これが私のモデルです（間違っている場合は修正してください）：

F と p の値を見つける必要があります。

あなたの助けに感謝します。

モデルを実行しました：

出力は lmer に似ています。他のモデルと同じ構文構造を実行しているのでわかりませんが、問題なく動作します。lmerTest でこのモデルの p 値が得られない理由がわかりましたか?

lmer（lme4パッケージから）を実行したいdfにいくつかの変数（列）があります。
df というデータフレームがあるとします。

これを行う関数を作成しようとしていますが、引数を渡して関数で使用するのに問題があります。

誰かがこれを行うための最良の方法についてアドバイスできますか? 多分関数は答えではありませんか？ループ？その理由は、関数が機能するようになったら、関数がモデルから他のものを返すようにしたいからです..AIC、BLUPなど..

ポアソンモデルを使用した glmer と difflsmeans の間の結果の不一致を理解するのに苦労しています。どちらの関数も lmerTest パッケージからのものです。基本的に、glmer は 2 つの係数が p < 0.05 で有意であると教えてくれますが、difflsmeans を使用すると異なる結果が得られます。私はポアソン リンクとモデル カウント データへのオフセットを使用しており、実験のバッチには処理の固定効果と変量効果を含めています。

ガウス リンクを使用する他の分析では、lmer と difflsmeans の両方で同じ結果が得られます。

ポアソン リンクを持つ混合モデルに difflsmeans を使用することは有効ですか?

係数の有意性を確認する別の方法はありますか? （これは以前に尋ねられたことは知っていますが、この分析の文脈で意味します）

前もって感謝します

GLMER の結果

difflsmeans の結果

以下のいくつかの係数のサイズが大きいことに疑問を持っている場合に備えて、私は金融/経済データを扱っています... 私の一般的な質問は、R の線形ランダム効果モデルから出力されるパラメーター係数のシミュレーションに関するものです。 R の同じモデルからモデル係数と分散共分散 (VCOV) 行列を使用して、ベータ係数のランダム サンプルを生成しようとしています。 mvtnorm{} パッケージの rmvnorm() 関数? この警告/問題に対処するにはどうすればよいですか?

警告メッセージ: In sqrt(ev$values) : NaN が生成されました

次の検索文字列を Google で検索すると、「rmvnorm、「警告メッセージ: sqrt(ev$values) 内: NaNs が生成されました」と表示されました: http://www.nickfieller.staff.shef.ac.uk/sheff-only /mvatasksols6-9.pdf 4 ページで、このエラーは「負の固有値」を示していますが、概念的または実際的に、負の固有値が何であるか、またはこの場合に生成される理由がわかりません。

2 番目の検索結果: [ http://www.r-tutor.com/r-introduction/basic-data-types/complex 2 -1 の平方根を取得しようとしたためにこのエラーが発生したことを示します。 「複雑な値ではありません」(-1 の平方根を取ることはできません)。

ここで、ベータのランダム生成で何が起こっているのか、そしてこれをどのように修正できるのかという疑問が残ります。

sessionInfo() R バージョン 3.0.2 (2013-09-25) プラットフォーム: x86_64-apple-darwin10.8.0 (64 ビット)

以下のパッケージ/バージョンを使用 mvtnorm_0.9-9994、lme4_1.1-5、Rcpp_0.10.3、Matrix_1.1-2-2、lattice_0.20-23