問題タブ [lmer]

シミュレーション研究では、繰り返し測定に対するさまざまな LMEM の能力を比較します。ランダムな切片と勾配の相関が許可されているモデルと許可されていないモデルを指定したいと考えています。しかし、両方のモデルを比較すると、まったく同じように見えます。両方のモデルで anova を実行すると、相関関係のないモデルにはもう 1 つの自由度がありますが、逆になるはずです。

データ：

GLMM で自己相関を説明しようとしています。私の応答変数はブール値で、蜂の巣のセットのライフ サイクルにおける en イベントの有無を表します。各巣の状態を表す一連の数値変数を使用して、そのようなイベントの確率を予測しようとしています。そのため、一般化されたモデルで二項分布を使用し、ネストをランダム効果として使用しました (glmer() を使用)。ただし、イベントは自己相関しているため、残差にかなりひどいパターンが生じます。ランダム効果のないエラーでガウス分布を使用していた場合、gls() で相関構造を使用していくつかの相関パラメーターを推定しますが、この場合はうまくいきません。この自己相関を GLMM に含める方法を探していましたが、うまくいかないようです。関数 ts() と diff() を使用してデータセットを変換すると、モデルに応答の以前の値を予測子として含めることができることがわかりました。これは線形モデル lm() で機能し、残差がより良くなります。

ただし、lmer() も glm() も、これらの関数の出力を受け入れません。問題は、変換によって一部の値が負になり、 glm() が二項モデルの負の値を受け入れないことです (これは理にかなっています)。自己相関 glm() を説明することは可能であると読みましたが、これはすでに改善されていますが、機能させることはできません。また、 glmmPQL() には相関構造を含めることができることも読みました。そのモデルは実行されますが、残差のパターンは改善されません。それらはまだ自己相関しているようです。

さまざまな相関構造を試しましたが、どれもうまくいかないようです。

最後に、回帰関数が時系列を処理できるようにするはずの dyn パッケージを試しました。しかし、ここでも、関数は変換によって生成された値で実行されません。

要約すると、時間相関を使用して GLMM を実行する必要がありますが、これを行う方法が見つかりません。助けていただければ幸いです。

乾杯！！！

現在、分析のために lmer と lmerTest を使用しています。ランダム構造に効果を追加するたびに、summary() を実行すると次のエラーが発生します。

このような構造のままにしておくと:

error run summary(TRT5ToVerb.lmer2) はなく、AIC、BIC、logLik 逸脱度、変量効果の推定値、固定効果の推定値とそれに対応する p 値などを返します。

そのため、オブジェクト TRT5ToVerb.lmer3 がそこにあるという事実にもかかわらず、lmerTest を実行すると明らかに何かが発生します。両者の唯一の違いはランダム構造です: (1+Condition|Participant) 対 (1|Participant)

私のデータのいくつかの特徴：

1. 条件とグループはどちらもカテゴリ変数です。条件は 3 つのレベルで構成され、グループ 2
2. 従属変数 (TRT5ToVerb) は連続的です: ms 単位の読み取り時間に対応します。
3. これは反復測定実験であり、参加者ごとに 48 回の観測が行われます (参加者 = 28)

この脅威を読みましたが、明確な解決策がわかりません。データフレームを長い形式に変換する必要があるのでしょうか? もしそうなら、それをlmerでどのように扱うのですか？そうでないことを願っています。

ありがとう！

免責事項: 私は R の専門家でも統計の専門家でもないので、しばらくお待ちください。

lmerTestを使用して次のモデルを実行しましたlme4。

コマンドを入力するlmerTest と、次のエラーが表示されます。summary()

これはすでに他のユーザーの問題であり、1 人のユーザーが実行中の問題を回避できたことがわかりましたlsmeans()。lsmeans を試したところ、次のエラーが発生しました。

共分散行列を調べると、NA は見当たりませんでした。グループ因子のコントラストを逆にするだけで、このモデルを実行できることに注意してください。なぜそうなのか理解に苦しむ。

lmerTest ではなく lme4 を使用して同じモデルを実行すると、summary() のすべての出力を取得できますが、p 値は取得できません (予想どおり)。pvals.fnc は lme4 で廃止されました。私はまだ代替手段を見つけていません。さらに、lmerTest をうまく使用できた他のモデルと同じ方法で model2 の p 値を推定するとよいでしょう。

この時点で私が何をすべきか知っている人はいますか？どんな助けでも大歓迎です！

私はlme4Rでパッケージを使用しており、ランダム勾配とランダム切片モデルに適合しようとしています. ランダムな勾配とランダムな切片モデルを実行するときにこのエラーを理解し、このエラーに関して何をすべきかを誰かが理解するのを手伝ってくれれば、本当に役に立ちます:

どうもありがとう

「fit1」というモデルにエラーがあるかどうかを検出するために、またはこのような関数try()を使用したいと思います。tryCatch()モデルが良ければ「fit1」、そうでなければ「fit2」を使いたい

これを行う方法を知っていますか？私の問題はおそらく簡単に解決できるので、データを追加しませんが、必要な場合はアップロードできます。

ありがとう！

pbkrtest パッケージの関数 PBmodcomp を使用して、2 つの lmer モデルのモデル比較を実行しようとしています。ただし、次のエラーが発生します。

私のデータはここで入手できます: https://www.dropbox.com/s/oweyw767qtpbqot/Data.txt

私が実行しているコードは

この問題を解決するにはどうすればよいですか?

ありがとう