問題タブ [lmer]

マルチレベルモデルを推定しようとしています。私のコードは次のとおりです。

これにより、次のモデルが得られます。

変量効果で相関が-1になるのは問題なのはわかっていますが、もっと大きな問題があります。lowerID=0結果をプロットする必要がありますが、必要なのは whenと when の2 行だけですlowerID=1。pharmaexp_2001したがって、x軸に対して y 軸をプロットしたいのですyearが、必要なのは 2 行だけです (by lowerID)。を使用する必要があることはわかっていますpredict.merModが、これらの結果をプロットして、これらの 2 行だけをプロットするにはどうすればよいでしょうか? 現在、私のプロットには 21 行あります (21 か国の医薬品支出を分析しているため)。

Rでこれを行う方法をずっと探していましたが、何も見つかりません! 基本的に、LMM を使用して予測子を縮小したいと考えています。したがって、一連の固定効果 X と一連の予測子 Z があり、これにランダム効果を適用したいので、モデルは次のようになります。

ここで、u~N(0,sigma_u^2 * I) および e ~ N(0,sigma_e^2 * I) です。私はこれをlmeでできると思った

しかし、私はエラーしか出ません:

この問題に関するヘルプは大歓迎です。

パッケージnlmeを使用するために Windows 7 マシンに R バージョン 3.0.1 をインストールしたところlme()、パッケージ内の関数に適合するモデルに大きな違いがあることがわかりましたlme4。これらの結果は、R 2.15.2 が lme4 1.0-4 を使用するのに対し、R 3.0.1 は lme4 1.1-6 を使用するという点でも異なることに注意してください (どちらも を使用してインストールされていinstall.packages("lme4")ます)。

値の数は桁違いに異なります (REML 基準、変量効果、そして最も顕著なのは ANOVA p 値)。

これは (重大な) バグだと思いますが、最初にコミュニティに確認したいと思いました。また、より適切な場合は、この質問を CrossValidated に移行してください。

以下の単純なデザインからの出力。

R 2.15.2 の使用

R 3.0.1 の使用

私はlmer、パッケージの関数をlme4何千回も呼び出すスクリプトを使用しており (心配しないでください。複数の比較に関連する修正は後で実行されます)、1 回の呼び出しでできるだけ多くの時間を節約したいと考えています。

当てはめたモデルから t 値を抽出したいのですが、これを行うための最速 (計算時間) の方法は何ですか? 使用してみましたが、自分自身summary(model)を呼び出すよりも（はるかに）時間がかかるようlmerです。を使用せずに、取得したモデルから t 値を取得することは可能summary()ですか?

パッケージRのlmer()-function を使用してモデルを組み込みました。lme4従属変数をスケーリングしました：

で固定効果係数を調べますfixef(mod)。

固定効果係数から手動で平均を計算するのは非常に簡単です。ただし、スケーリングしないようにしたいのですが、これを正確に行う方法がわかりません。スケーリングとは、すべてから平均Yを引き、標準偏差で割ることを意味することを認識しています。ただし、平均と標準偏差の両方が元のデータから計算されました。lmer()元のデータの平均と標準偏差を使用してモデルを適合させた後、このプロセスを単純に逆にすることはできますか?

助けてくれてありがとう！

更新: 上記のモデルを提示した方法は、すべての応答の平均を取り、すべての応答の標準偏差で割ることによって、従属変数がスケーリングされることを暗示しているようです。通常、それは別の方法で行われます。全体の平均と標準偏差を取得するのではなく、その被験者の応答の平均と標準偏差を使用して、被験者ごとに応答を標準化します。(ランダム切片がそれを処理する必要があるため、これは奇妙lmer()です...序数スケールで平均を計算することについて話しているという事実は言うまでもありません...)しかし、問題は同じままです:そのようなモデル、適合モデルの係数を再スケーリングするクリーンな方法はありますか?

lmer() を使用して線形混合効果モデルを構築しようとしていますが、得られる出力は次のようになります

私が見た他の例では、推定値に加えて標準誤差と t 値の列がありますが、これは指定できるオプションではないようです。どうすればこれらを入手できますか?

で混合効果線形モデルlmerを指定しましたが、その対比を指定する方法がわかりません。私のデータにはCondition2 つのレベルがあり、それぞれConditionに 20-20 がありPlayersます。各条件Scenarioで、 で 7 回評価できる 7 を提示しTrialsます。したがってCondition、 とScenarioは固定効果であり、ランダムな効果PlayerとがありTrial、 はTrialそれぞれの中に入れ子になっていますScenario。

私のモデルは次のようになります。

Scenario重要な ANOVA の結果が得られましたが、どの s が異なるのか、またどのs が異なるのかを知りたいTrialsです。

最小二乗平均を出力するlsmeansfromを使用しようとしましたが、結果の解釈方法がわかりません。lmerTest

また、個々の s を比較するにはどうすればよいTrialですか?

呼び出しは固定効果計画行列mF@Xを返す必要があります (glmm の限界および条件付き R^2 に必要)。しかし、うまくいきません。そのようなマトリックスもモデル構造にリストされていますか?

提案をいただければ幸いです。