問題タブ [lsf]

ジョブを送信するために、lsf システムを介してサーバー上でスクリプトを実行しようとしています。bsub を使用せずに wget を実行すると、wget は取得しようとしているファイルを正常にダウンロードします。ただし、bsub 内で同じコマンドを実行すると、ジョブは実行されますが、ジョブの実行を許可しても wget が動かなくなります (ファイルのダウンロードには約 10 秒しかかかりません)。実行したコマンドは次のとおりです。

ジョブの stderr ファイルは次のとおりです。

--2012-07-05 20:57:59-- ftp://ftp-trace.ncbi.nih.gov/1000genomes/ftp/data/NA192 38/sequence_read/ERR000018.filt.fastq.gz => `ERR000018 .filt.fastq.gz' ftp-trace.ncbi.nih.gov を解決中... 130.14.250.10 ftp-trace.ncbi.nih.gov|130.14.250.10|:21... に接続中... 接続済み。匿名でログイン中 ... ログインが正しくありません。

誰か提案はありますか？前もって感謝します。

のようなものを使用してジョブを送信するとしbsub pwdます。次のジョブの依存関係を構築するために、そのジョブのジョブ ID を取得したいと思います。bsub を取得してジョブ ID を返す方法はありますか?

基本的な問題: N  + 1 個のジョブを LSF で管理された Linux クラスターにサブミットしたいのですが、先行するN 個のジョブがすべて完了するまで ( N  + 1)-st の「ラップアップ」ジョブが実行されないようにします。

追加: 可能であれば、 ( N  + 1)-st (「ラップアップ」) ジョブが最初の引数として値 0 (たとえば) を受け取るように調整できれば理想的です。 N 個のジョブが正常に終了し、それ以外の場合は 0 以外の値。

この問題 (または少なくとも「基本的な問題」とラベル付けされた部分) は、 LSFが処理するように設計されているように見えるものよりもはるかに単純です。する。bsubbsub

この配置を実現するための最も簡単なbsubコマンドは何ですか?

より具体的には、???以下のさまざまなスロットを置き換えて、wrapupすべてのジョブが終了した後にのみ実行されるようにする必要がfooあります (理想的には、fooジョブの終了ステータスを反映する引数を使用して)。

bash ターミナルでこのコマンドを実行すると、次のように動作します。

しかし、これを実行すると:

それは動作しません。' を \' に変更してみましたが、うまくいきません。

次のエラーが表示されます: 最初のケース:

\' を使用した場合

構文を台無しにしているアイデアはありますか? 私はかなり困惑しています。

ありがとう

Unix 環境でLSF bsubコマンドを使用してジョブを送信しています。ただし、LSF ジョブは子ジョブが終了するのを待っています。

以下に例を示します (以下のサンプル スクリプトの詳細)。

1. LSF なしparent.ksh:を使用せずに Unix で送信するとLSF、つまりコマンド プロンプトで と入力すると、子ジョブを待たずに get が送信され、get が 1 秒で完了し./parent.kshます。これらのジョブはバックグラウンド モードで送信されているためです。これは Unix の典型的な動作です。parent.kshscript1.kshscript2.ksh
2. LSFの場合: ただし、parent.kshusingを送信するLSFと、つまりbsub parent.ksh、送信後parent.kshに 180 秒 (子番号 2、つまり script2.ksh にかかる最長時間) 待機します。保留中のジョブにかかった時間を除外していることに注意してください。

これは私が予期していなかったことです。これが起こらないようにするにはどうすればよいですか?

私はチェックし、script1.ksh両方script2.kshの場合に呼び出されました。

親.ksh:

script1.ksh:

script2.ksh:

この方法でfit.mという matlab コードのチャンクを実行しています。

alldata.mat には、関心のあるデータがいくつかあります。つまり、

このようなスクリプトは、特定の対象データ (この例では count=rxw1) に対してコマンド ラインから実行できます。

ただし、実行を自動化する必要があるため、matlab に count = mat ファイル内の他のデータセットを作成するように指示できます。つまり、異なるデータセットに対して並行してスクリプトを実行したいのですが、次のようなものが必要です。

私が提案していることを行うことは可能ですか？スクリプトを呼び出すときに入力パラメーターとしてデータセットの名前を指定することで、選択したデータセットに対して実行するスクリプトを自動化するにはどうすればよいですか?

それができたら、LSF を介してジョブを送信することで実際にすべてを並行して実行することを計画していますが、次のようなことを念頭に置いて、対象のデータの名前を入力として指定します。

Q が基本的すぎる場合は申し訳ありませんが、matlab コマンド ラインの実行に慣れていません。

LSF プラットフォームに問題があり、頭を抱えることができません。

スクリプトの理由から、実行中/保留中のジョブを 'bjobs' (およびその他の b***) で perl スクリプトを使用してチェックする必要があります。

何らかの理由で機能せず、次のエラー メッセージを表示できました。

Google とマニュアルでいくつかの調査を行ったところ、何も素晴らしい結果が得られなかったので、少しテストを行いました。

私のアカウント (最大) は LSF 管理者です。ルートも LSF 管理者です。

そこで、root に切り替えて bjob​​s を起動しようとしましたが、'sudo –u max' で最大になりました。これらのコマンドを見てください：

どうすればこれを修正できますか?

SAP-Netweaver-Expertsがここにあることを願っています...

SAPNWDSで非常に単純なJSFアプリケーションを開発しました

「JSF用SAPコンポーネントライブラリ」を使用

JSF-Applicationを実行すると、「致命的なアプリケーションエラー：標準のレンダリングドキュメントタイプはサポートされていません。管理者に連絡してください」というテキストのポップアップアラートが表示されます。

「標準のレンダリングドキュメントタイプ」とは何か、どこで構成できるのかわかりません。

アイデアやヒントはありますか？

よろしくケイ

SGE では、

qsub -now yes/no <command>

「-now yes」を指定すると、ジョブはすぐに (可能であれば) スケジュールされるか、まったくスケジュールされません。保留中のキューには入れられません。

「-now no」を指定すると、すぐに実行できないジョブは保留キューに入れられます。

しかし、LSF では、qsub に相当するものを bsub としています。

bsub では、すぐに実行できない場合は保留キューに入れられます。qsub のように「-now yes」というオプションはありません。

「qsub -now」としてbsubで何かしますか

PS : 解決策の 1 つは、bsub の実行後、スケジュールされているかどうかをしばらく (数秒) 確認してから終了することです。もっとエレガントな方法を探しています。

この質問に必要な簡単な答えを求めて、Web とマニュアルを探しました。

クラスターに新しいユーザーを作成し、'busers all' をチェックしても、それらは表示されません。したがって、「bjobs」、「bhosts」などは使用できません...

少しの助けがとてもいいでしょう！

乾杯、

--マックス