問題タブ [lsf]

bsubにしたいbash関数があります。スクリプトをソースしようとすると再帰的に呼び出されますが、スクリプトをソースしないと関数を認識しないようです。同じスクリプト ファイル内の関数で besub を正しく呼び出すにはどうすればよいですか?

my_script (「12345」を出力する必要があります):

lsf で cgroups.cpuset を使用する方法はありますか? LFS の v9.1 では、cgroup のフリーザーとアカウントのみを使用できるようです。

私たちのクラスターでは、40 を超えるノードまたは 640 コア (を含む) を要求するジョブを送信すると、$LSB_HOSTS が空になり、ジョブが停止します。この変数を使用して、次のように mpirun コマンド ラインで使用する nodelist ファイルを生成します。

ここにヒントはありますか？

このスクリプトに問題があることがわかりますか?

ありがとう、

エリック。

途中で計算を行ったところ、ランタイム制限の 50:00 では不十分であることがわかりました。そこで、$bstop 1234 を使用してジョブ 1234 を停止し、古いランタイムを -W 50:00 から -W 100:00 に変更しようとしました。そのためのコマンドを提案できますか?

私は試した

によると

http://www.cisl.ucar.edu/docs/LSF/7.0.3/command_reference/bmod.cmdref.htmlから

構文がよくわかりません。-Wn は Wall time new という意味ですか

助けてくれて本当にありがとうございます！

Python で X 回完了する単一のタスクがあり、LSF を使用してそれを高速化します。別々に並行して実行できる複数の Python スクリプトを含むジョブを送信するのと、マルチプロセッサ モジュールを利用する 1 つの Python スクリプトを送信するのとでは、どちらが適していますか?

私の問題は、LSF が Python コードを複数のプロセスに分割する方法を知っているとは思えないことです (LSF がこれをどのように行うのかはわかりません)。ただし、非効率的で整理されていないように見えるため、いくつかの Python スクリプトが飛び交うのも望ましくありません。

当面のタスクには、6 つの非常に大きな ASCII ファイルを解析し、後で使用するために出力を Python dict に保存することが含まれます。6 つのファイルを並行して解析したいと考えています (それぞれに約 3 分かかります)。LSF では、Python が「ねえ、スクリプトは 1 つですが、これらの 6 つのプロセスに分割するつもりです」などと言うことができますか? LSFは Python にそれを伝える必要がありますか、それともその方法を既に知っていますか?

さらに情報が必要な場合はお知らせください。背景の「ちょうどいい」と「多すぎる」のバランスをとるのに苦労しています。

ジョブ スケジューラを使用してプログラムを実行すると、スケジューラはジョブに(ユーザーが指定した) n 個のプロセッサ コアを割り当てます。OpenMP を使用するプログラムが実行されると、OpenMP は一般にOMP_NUM_THREADSスレッドを使用します。簡単にするために、それぞれが異なるプロセッサ コアにマップされているとします。

OpenMP は、スケジューラによってどのコアがプログラム/ジョブに割り当てられたかについて何も知りません (私の知る限り)。また、OS は、OpenMP ではなく、実際に OpenMP スレッドをコアにマップするものです。

私の質問は、OpenMP スレッドが、ジョブ スケジューラによってジョブに割り当てられたコアにのみマップされるように、舞台裏で何が起こっているのかということです。

私の質問は一般的なものにしたいのですが、プロセスがジョブ スケジューラ間で本当に異なる場合は、LSF 固有の回答が最適です。

次の方法で、perl スクリプトから bsub コマンドを実行しようとしています。

しかし、 の二重引用符のために perl が混乱していると思います"testid::1"。これを実装する適切な方法は何ですか?