問題タブ [molecule]

私はpythonが初めてです。システム内のすべての原子の座標を含む xyz ファイルがあります。私のシステムは、これらの原子から作られたいくつかの異なる分子で構成されています. このシステム内の異なる分子の数を数える必要があります。たとえば、分子 A の総数、分子 B の総数などです。ファイルのスナップショットを含めました。オレンジ、黄色、および青は別の分子です。オレンジ色のセクション (PBIIII 分子) と同様に、PBIII の分子もいくつかあります。xyz ファイルから各タイプの異なる分子をどのようにカウントできますか? ここに画像の説明を入力

そのため、ドキュメントを調べましたが、関連するものは見つかりませんでした。SDF ファイルでは、Chembl 名は空ですが、必要な chembl ID にエントリがあります。ここ'

しかし

私に空白を投げます。この場合、chembl ID が必要です。

Python仮想環境内に分子、ドッカーをインストールした後、「分子テスト」を実行しようとしたときに発生する以下のエラーを修正する方法について、誰か助けていただけませんか。

ありがとうございました

以下は私が得るエラーです：

TASK [事実の収集] ********************************************* ****************************************************** ****************************************************** ******************************************** 致命的: [インスタンス]: 到達不能! => {"changed": false, "msg": "一時ディレクトリの作成に失敗しました。場合によっては、認証できたものの、ターゲット ディレクトリに対する権限がなかった可能性があります。ansible でリモート tmp パスを変更することを検討してください。 cfg を「/tmp」をルートとするパスに変更します。詳細なエラー情報については、-vvv を使用してください。失敗したコマンドは: ( umask 77 && mkdir -p " echo ~/.ansible/tmp"&& mkdir " echo ~/.ansible/tmp/ansible-tmp-160329.306709-12591-50051461" && echo ansible-tmp-160329.306709-12591-50051461="` echo ~/.ansible/tmp/ansible-tmp-160329.306709-12591-50051461" )、結果 1 で終了"、